La désaffection du cimetière Sainte-Catherine dura des années. A partir de 1857, le projet du percement du Bd Saint-Marcel devait le faire disparaitre définitivement. Malgré tout, les choses durent se faire lentement puisqu’en 1860, un descendant collatéral, Charles Pichegru, négociant en vin à Dôle, demanda le rapatriement de la dépouille à Arbois, sa terre natale.
Après de longues négociations, l’accord fut donné et l’exhumation eut lieu le 18 août 1862. Alors que, selon le rapport d’inhumation, le corps avait été mis en bière, celui qui fut déterré ne l’était pas, mais était enveloppé dans un suaire de toile.
Ainsi les prétendus restes du général, rassemblés dans une caisse, arrivèrent-ils à Arbois où ils furent accueillis par le maire, le comte de Broissia. Fervent napoléonien (Napoléon III était de surcroît au pouvoir), il ordonna l’inhumation du traître nuitamment et dans le carré des indigents.
Dans le même temps, le fossoyeur local, maître dans son domaine, planta une croix et fit en sorte que la sépulture échappât à la relève s'effectuant tous les quatre ans. Son manège dura ainsi des années permettant la préservation de la tombe.
En 1890, un nouveau règlement imposa aux fossoyeurs une plus grande transparence. Puisque la sépulture de Pichegru existait encore, le nouveau maire, Emile Boilley, lui attribua l’emplacement où elle se trouve toujours.
A cette occasion, la caisse exhumée se révélant en mauvais état, il en fit fabriquer une autre. Et là surprise ! Le crâne était intact ce qui contredisait le rapport d’autopsie fait au Temple précisant que le cervelet avait été observé, impliquant l’ouverture, au moins partielle, du dit crâne. Les cheveux étaient châtain clair et coiffés avec des cadenettes alors que, lorsqu’il mourut, le général était brun et coiffé à la « Titus ». La taille du crâne s’avérait bien plus petite qu’elle n’aurait due, etc. Je vous fais grâce d’autres observations du même acabit justifiant de façon sérieuse les doutes quant à la présence réelle de Jean-Charles Pichegru à Arbois. Puisque seule une analyse ADN pourrait trancher, ne fermons pas pour autant la porte à une possibilité contraire.
Mais au-delà de toutes ces considérations, le plus important pour les arboisiens est de pouvoir conserver la mémoire de ce personnage incontournable de l’histoire de France. Ainsi, chaque année, l’anniversaire de sa mort est-il le prétexte d’une réunion autour de sa tombe suivi d'un sympathique pot de l’amitié.