Menacé de nouvelles poursuites, ses biens mis sous séquestre, ses toiles confisquées, acculé à la ruine il s’exila en Suisse, à La Tour-de-Peilz, près de Vevey. Tous ces derniers évènements l’avaient épuisé. Il mourut dans son exil sans jamais avoir pu honorer la première traite.
La France ne lui rendit pas les hommages qui lui étaient dus. Par solidarité avec ses compatriotes exilés de la Commune de Paris, il avait refusé de retourner en France avant une amnistie générale. Dans le respect de sa volonté, Gustave Courbet fut inhumé à La Tour-de-Peilz le 3 janvier 1878.
En 1919, sa dépouille retrouva enfin sa chère terre natale d’Ornans. Mais l’affaire de la Colonne Vendôme n’avait guère plu aux villageois qui avaient bonne mémoire. Alors, tel un pestiféré de l’Histoire, ils évitèrent longtemps le carré de sa tombe.
Tandis que son influence allait marquer la peinture allemande de la fin du 19ème siècle, les historiens de l’art d’obédience communiste le présentèrent comme un précurseur du réalisme socialiste.