Mais Nanthilde ne pouvait rien dire. Prête à tout pour rester l’épouse officielle, elle avait accepté dans son contrat de mariage que le roi puisse s’unir avec autant de concubines qu’il le souhaitait !
Et puis, au début, que lui importait puisque Dagobert s’était engagé à léguer son héritage à ses fils. Or, elle n’en avait pas. Il lui fallait pourtant faire vite car sa rivale venait d’accoucher d’un garçon, Sigebert, futur Sigebert III. Heureusement pour elle, enceinte, Nanthilde accoucha elle aussi d’un poupon, le futur
Veuve, elle prit la régence au nom de Clovis. Régente avisée, elle pouvait compter sur le sage Ega, maire du palais de Neustrie pour l’aider dans sa tâche. Mais à la mort de celui-ci, elle commit une erreur. Pratiquant le népotisme, elle nomma Flaochad comme maire du palais de Bourgogne. Par sa conduite, celui-ci suscita une telle indignation, qu’une partie de la paix du royaume préservée par Nanthilde sombra dans l’anarchie.
La reine ne vit pas longtemps les conséquences de son choix désastreux car elle mourut peu après à Landry en Bourgogne. Sa dépouille fut ramenée en la basilique Saint-Denis où elle fut inhumée auprès de son époux.
Au 9ème siècle, elle partagea la même tombe ornée d’or avant que celle-ci ne disparaisse et que la reine ne repose sous une simple dalle.
Au 13ème siècle, ses restes retrouvés furent déposés avec ceux de Dagobert Ier dans le tombeau que venait de faire ériger Louis IX.
Le 18 octobre 1793, en ouvrant la sépulture commune, les profanateurs découvrirent un coffre de bois garni de plomb qui renfermait les ossements du couple. Ils étaient enveloppés dans une touffe de soie séparés les uns des autres par une planche intermédiaire qui partageait le coffre en deux parties. Sur deux côtés du coffre, il y avait une plaque de plomb sur laquelle était inscrit respectivement : Hic jacet corpus Dagoberti et sur l’autre Hic Jacet corpus Nanthildis ce qui permit leur identification. On ne retrouva pas sa tête qui s’était perdue quelque part entre ses précédentes sépultures.
Jetées dans une fosse commune, ses cendres furent déposées en 1817 dans l'ossuaire de la basilique.