Chef d'orchestre prestigieux et directeur de théâtre éclairé, faisant preuve d'un éclectisme particulièrement fécond, il propagea la musique de compositeurs importants mais ignorés, appartenant aux écoles les plus diverses, soit en les réhabilitant ou en les faisant redécouvrir, soit en contribuant puissamment à dissiper les grotesques préjugés qui s'étaient entassés contre eux. Ainsi fut-il un défenseur du groupe des Six.
Récompensé pour sa Symphonie pour grand orchestre (1875-1876) et pour sa cantate Prométhée enchaîné, il commença, en 1877, une carrière de chef d'orchestre aux Folies-Bergère, qui étaient alors fort sages, pour lesquelles il composa des ballets Fleurs d'oranger, Vins de France, Mignons et Vilains.
De ses nombreuses compositions théâtrales, Les Deux Pigeons, montée à l'Opéra en 1886, et Les Petites Michu (1897) remportèrent un vif succès.
De 1898 à 1903, il dirigea les œuvres nouvelles à l'Opéra-Comique où il y fit accepter Pelléas et Mélisande de Claude Debussy (1902), qu'il créa comme chef d'orchestre. Ce wagnérien enthousiaste monta la Tétralogie à l'Opéra (1909), dirigea souvent à l'étranger, surtout à Londres, fit une tournée aux Etats-Unis, etc. Il fut codirecteur de l’Opéra de Paris de 1908 à 1914.
Passionné d’opérettes, il avait, entre autres, créé Véronique (1898). Mais c'est avec L'amour masqué (1923), fructueuse rencontre du musicien avec Sacha Guitry et Yvonne Printemps, qu'il prit son dernier tournant. Avec la liberté de mœurs des années folles plus libre et plus libertine que les opérettes françaises classiques, il signa: Passionnément (1926) et Coups de roulis (1928). Parmi ses œuvres les plus connues on notera aussi son opéra-comique Fortunio (1907).
Elu en 1926 à l’Académie des beaux-arts.
Widor, et il n'éyait pas le seul, résumait son œuvre en cette formule : « Élégance, charme et grâce ».
André Messager fut inhumé au cimetière de Passy.
Dans la même tombe reposent :
- Jean Messager, son fils (1886-1952)
- Marie-Louise Rostagni (1891-1968), épouse de Jean Messager dont il divorça et qui, en secondes noces, épousa l’homme de lettres René Peter.
- Claude Mulot (1942-1986)
Cinéaste connu sous le pseudonyme de Frédéric Lansac, il fut l’une des figures "majeures" de la grande période du cinéma érotique français avec les films l’Immorale, Le sexe qui parle, La Femme objet, etc.
Il fut aussi le scénariste de nombreux films de Max Pécas.
Il avait épousé l’actrice Martine Reichenbach (1940-2007) spécialisée dans les doublages.Il mourut victime d’une noyade à Saint-Tropez.