Tout à la réforme de son ordre, en 1606, il fonda celui des Filles du Calvaire, et prêcha des missions pour le Canada et la Turquie qui le firent remarquer de la cour. Son zèle prosélyte le poussa à envoyer des missionnaires en pays huguenot afin de les arracher à leur hérésie.
Emergeant comme l'une des figures importantes de la Réforme catholique, il rencontra Richelieu (1611) avec lequel il entama une fructueuse relation personnelle qu'il entretint avec fidélité. Une grande amitié, toute de complicité politique, s'établit entre « l'homme en rouge » et le moine aux mille ressources. Richelieu, admiratif de ses talents de prédicateur et de fin négociateur, sut profiter du vaste réseau de capucins mis à sa disposition qui lui faisait remonter de précieuses informations des différentes zones de conflits.
Il influença le pape pour la création, en 1622, de la Congrégation pour la propagation de la foi et fut nommé, en 1625, commissaire apostolique pour toutes les missions étrangères.
Il rêvait d’une grande Europe unie dans une nouvelle croisade contre les Turcs, mais estimait que la Maison d’Autriche faisait obstacle à ce projet. Dans le droit fil de la politique de Richelieu, la guerre de Trente ans allait lui offrir l'espoir de cette utopie quand, alors que la France combattait le protestantisme de l'intérieur, celle-ci adopta une action ambiguë et louvoyante, n'hésitant pas à s'allier aux princes protestants pour contrer la Maison d'Autriche pourtant championne du catholicisme et de la chrétienté contre les Turcs. Mais depuis près d’un siècle que la Maison d’Autriche et la monarchie française se disputaient la suprématie en Europe, l’opportunité pour Richelieu de limiter la puissance des Habsbourg valait bien de contredire ses convictions religieuses. Il pouvait compter sur le soutien du père Joseph qui fit beaucoup dans l'entrée de la Suède protestante dans la guerre et qui signa son chef-d'œuvre diplomatique avec la coalition des princes allemands contre leur empereur à la diète de Ratisbonne (1630).
Dans l’ombre, il fut l’un des principaux artisans des Traités de Westphalie qui, dix ans après sa mort, marquèrent l’émergence du principe de la souveraineté des États comme fondement du droit international, base d’un nouvel équilibre européen jusqu’à la Révolution française.
Le père Joseph succomba à une attaque cérébrale laissant derrière lui le dernier mot à ses détracteurs, dernier mot relayé par des auteurs du 19ème siècle comme Jules Michelet ou Alfred de Vigny qui transformèrent ce moine austère en la figure emblématique du conseiller de l'ombre manipulateur à la grande noirceur : l’éminence grise, le gris à cause de la couleur de l’habit des capucins. Bien évidemment, ce jugement reste sans doute excessif pour notre personnage à la personnalité complexe qui, néanmoins, derrière sa modestie, n'en désirait pas moins le chapeau cardinalice qu'il reçut au moment de son trépas...
Tandis que son foie était déposé au couvent des Filles du Calvaire, il fut inhumé dans l’église du Capucins de la rue Saint-Honoré sous une tombe plate de marbre noir qui portait cette épitaphe en latin :