Mais, pour concrétiser sa vision politique, Richelieu, homme de fer, véritable despote, s’était fait bon nombre d’ennemis parmi les princes dont l’un des jeux favoris fut de comploter contre le cardinal afin de s’en débarrasser (conjurations de Chalais, Montmorency, Cinq-Mars, etc.). Le peuple ne l’aimait guère davantage qui alluma des feux de joie à l’annonce de son trépas pour fêter l’évènement. Quoi qu’on en dise, ce jour-là, c’était bien l’un des plus grands ministres de l’histoire de France qui disparaissait.
Le collège de la Sorbonne, fondé en 1257, fut le premier collège de l’Université de Paris destiné à l’étude de la théologie par les séculiers. Exclusivement réservé à cet enseignement, il eut toujours la faveur des papes et du haut clergé. Il fut reconstruit en 1627. Il fut confisqué à la Révolution, puis rendu, en 1821, à l’Université de Paris. Il fut reconstruit de 1811 à 1901.
Devenu proviseur du collège, désirant y être inhumé, Richelieu avait prévu un projet grandiose. Occupant cette fois le haut du terrain - c'est-à-dire l'emplacement du collège de Calvi -, elle ne serait plus le centre du collège, désormais disposé autour d'une seule cour, mais de tout un nouveau quartier ; chapelle collégiale, elle serait en même temps, tout entière, la chapelle funéraire du cardinal. Les travaux, sur des plans de Jacques Le Mercier, furent conduits par le maçon Jean Thiriot de 1635 à 1642. Le peintre Philippe de Champaigne orna les pendentifs et la calotte de la coupole.
A la mort du cardinal, les travaux de la chapelle n’étaient pas achevés et ne le furent, non sans mal, par la duchesse d'Aiguillon, sa nièce et exécutrice testamentaire.
Malgré tout, on y exposa son cercueil le 13 décembre. Mais le ressentiment populaire était si vif qu’on parla de jeter son corps à la Seine. On cessa l’exposition et, par prudence, on l’inhuma dans la crypte située au-dessous du chœur, à l’endroit où se trouvaient les latrines du collège de Calvi avant sa démolition en 1628.
Les travaux terminés, dans le chœur, dont les ornements disparurent pendant la Révolution, les regards convergeaient vers le monumental tombeau de Richelieu, commencé en 1675 par François Girardon, sur commande de la duchesse d'Aiguillon l'année de sa mort, et fini, après bien des atermoiements, en 1694 seulement. Son tombeau est un chef-d’œuvre de la sculpture funéraire. Long de cinq mètres, il représente le Cardinal à moitié allongé sur un baldaquin, assisté par la Piété au moment d'affronter le jugement dernier ; à ses pieds, la Doctrine chrétienne en pleurs contrebalance, par sa grande sensibilité, la fermeté du premier groupe.