Il quitta de nouveau sa province à la demande de Barras qui le fit élire Directeur à la place de Merlin de Thionville le 18 juin 1799. Barras en fut pour ses frais : son homme de paille, fine mouche, fit cause commune avec Sieyès. Complice du coup d’Etat du 18 brumaire, nommé troisième consul provisoire, il accepta par la suite un siège au Sénat et fut créé comte d’Empire.
Dans ce parcours intelligent, Ducos avait commis une faute : le vote de la mort du roi.
Exilé en 1816 lors de la seconde Restauration comme régicide, il partit en Allemagne où, victime d’un accident d’attelage près d’Ulm, il mourut dans cette ville.
Sa date de décès couramment indiquée est le 16 mars alors que, selon le témoignage écrit de son fidèle domestique Pierre Romeus, détaillant par le menu les évènements, Roger-Ducos mourut le 4 avril, fut mis en cercueil le 7 et la messe d’obsèques dite le 8. Témoin oculaire, organisateur et responsable de l’inhumation, j’ai tendance à privilégier sa chronologie très cohérente.
Roger-Ducos lui avait aussi demandé de porter son cœur en l’église de Narosse où il possédait plusieurs propriétés. Pierre Romeus exécuta cette dernière volonté et, le 22 octobre 1816, déposa l’urne dans le sol de l’église creusé à cet effet.
Ce fut cette urne que l'abbé Bayse découvrit par hasard en 1991 à l’occasion d’autres fouilles entreprises suite à des découvertes fortuites et à des travaux. Elle était exactement à l’endroit indiqué par Romeus. Depuis, une plaque indique son nouvel emplacement dans le sol à droite du chœur.
Quant à la tombe, elle n’a jamais été retrouvée à ce jour. En décembre 1944, l’église et le cloître furent en grande partie détruits lors d’un bombardement. Il était le frère de Nicolas Ducos général et baron d'Empire.