ll s'empara de Solferino et contribua ensuite à la victoire d'Arcole qui lui valut le grade de général de division (1796).
Accompagnant Bonaparte quand ce dernier présenta au Directoire le traité de Campo-Formio, il fit de même avec les drapeaux conquis par l’armée d’Italie (1797).
Nommé successivement commandant en chef des armées de la République batave -,il aida les Jacobins bataves à réaliser un coup d'État (janv. 1798)-, et de Mayence, il prit le commandement de l’armée d’Italie (1798), et occupa le Piémont et Turin. Mais, lorsqu'il apprit que les commissaires civils du Directoire voulaient restreindre son indépendance, il démissionna .
Pendant ce temps, en France, Barras et Sièyes envisageaient un coup d’Etat et « cherchaient un sabre ». Songeant à Joubert pour commander dans Paris et agir au besoin contre les démocrates, sa nomination à la tête de l’armée d’Italie n’était pas étrangère à l’idée de lui donner l’opportunité de remporter une grande victoire afin de gagner ainsi en popularité. Finalement, Sieyès le rétablit dans ses fonctions avec les pleins pouvoirs. Hélas, la bataille qui devait assurer la gloire de Joubert se transforma en défaite à Novi.
Il franchit les montagnes du Montferrat, opéra sa jonction avec l'armée de Naples et se disposa à livrer bataille dans les plaines de Novi. Mais, au lieu de se rendre immédiatement à son poste, il commit la faute de perdre un mois pour cause de mariage (18 juillet 1799), délai dont profita le généralissime russe Souvorov pour réunir toutes ses forces.
Puis, son indécision sur le terrain aurait donné aux Russes le temps d'attaquer son armée très inférieure en nombre. Après quelques minutes de combat, Joubert tomba mortellement blessé. Malgré la présence et les efforts de Victor Moreau, qui avait consenti à rester pour le conseiller, la bataille se termina par la débandade des Français. Bonaparte dira de lui : « Il était intrépide, vigilant, et actif… Il était fait pour arriver à une grande renommée militaire ». Il fit déposer la dépouille du jeune général dans le fort Lamalgue situé à Toulon.
En 1818, il fut transféré et inhumé dans l'église de Pont-de-Vaux, sa commune natale. Sur le côté de sa tombe, une stèle rappelle que là est sa sépulture.