La Révolution fut l’opportunité de faire une démonstration magistrale de ses talents. Après avoir rejoint la garde nationale, il fut nommé lieutenant-colonel à la tête d’un bataillon de volontaires affecté à l’armée du Nord (1791) et se distingua notamment à Neerwinden et à la défense de Dunkerque. Général de division (1794), sous les ordres de Pichegru, qu’il remplaça ensuite, il contribua à de nombreuses victoires et conquit la Hollande en 1795. Sa renommée établie, général en chef de l’armée du Nord, puis de celle de Rhin-et-Moselle (1795), il fit la campagne d’Allemagne (1796) avant d’être stoppé par les préliminaires de la paix de Leoben (1797).
Parallèlement, Bonaparte se distinguait lui aussi mais sur d’autres champs de bataille : dans le même temps, les deux hommes gagnaient en renommée.
Moreau était républicain convaincu. Mais quel impact sur ses sentiments eut la mort de son père, et de tant d’autres, sur l’échafaud durant la Terreur ? Quoiqu’il en soit, lorsqu’il découvrit, lors d’une opération, des documents qui établissaient la relation entre Pichegru et les émigrés, il ne les remit pas de suite au Directoire. Il ne les transmit qu’après le coup d’Etat du 18 fructidor (4. Sept. 1797) ce qui lui valut d’être suspect et mis en non-activité. Toutefois, les circonstances ne permettant pas de se priver d’un soldat d’expérience, il fut rappelé et nommé commandant en chef de l'armée d'Italie (1799). Victoires, défaites se succédèrent, notamment celle de Novi où il assura le repli des troupes jusqu’à Gênes après la mort de Joubert.
Pressenti par Sieyès pour un coup d’Etat, Moreau s’effaça devant Bonaparte qu’il aida le 18 brumaire. Ce dernier lui confia l’armée du Rhin avec laquelle il écrasa les Autrichiens (1800). Son triomphe par sa victoire à Hohenlinden (3 déc. 1800), bientôt suivi de la signature de la paix de Lunéville (9 fév.1801), donna à Moreau une popularité d'une ampleur comparable à celle de Bonaparte. Jalousie et antagonisme entre les deux hommes exarcerbés par Moreau qui avait refusé d'épouser Hortense de Beauharnais, désapprouvait le Concordat, se gaussait de la Légion d'honneur et laissait connaître ses mauvaises dispositions à l'égard du Premier consul.
Pour les royalistes, cette attitude le désigna comme un allié possible. Il ne les rallia pas officiellement, mais ne dénonça pas leurs intrigues. Accusé d’avoir participé au complot de Cadoudal, il fut incarcéré et condamné à deux ans d’emprisonnement (1804). Colère et déception de Bonaparte qui, à la veille de son sacre, aurait préféré une condamnation à mort. A défaut, et bien heureux d'en être débarrassé, la peine fut commuée exil.
Rayé des cadres de l’armée, Moreau s’embarqua pour les Etats-Unis où il fut accueilli avec enthousiasme et vécut tranquillement jusqu’à ce qu’il apprenne le désastre de la campagne de Russie. Il revint en Europe pour se mettre au service du tsar Alexandre Ier et de ses alliés comme conseiller (1813). Mais le 27 août, alors qu’il se tenait au milieu de l'état-major des coalisés lors de la bataille de Dresde, un boulet lui fracassa le genou droit et la jambe inférieure gauche. Amputé des deux jambes et transféré à Laun, il y mourut six jours plus tard.