-les entrailles : placées dans deux urnes dorées, une partie fut déposée en l’église de Saint-Germain-en-Laye, et l’autre au collège des jésuites anglais de Saint-Omer, actuel lycée Alexandre Ribot (Pas-de-Calais). En 1686, le Père John Warner avait quitté la direction de ce collège pour devenir confesseur de Jacques II qui, après avoir laissé l'Angleterre, passa par le collège avec sa suite.
On pensait les entrailles de « Saint-Germain-en-Laye » perdues quand, le 12 juillet 1824, au cours des travaux de déblaiement nécessaires pour la construction du clocher actuel, on découvrit trois boites en plomb : l’une portait une inscription gravée sur une plaque d’étain : « Ici est une portion de la chair et des parties nobles du Corps du Très-haut, Très-puissant, Très-excellent Prince Jacques, second du nom, Roi de Grande-Bretagne ».
En septembre 1824, ces reliques furent inhumées en grande pompe et déposées sur un autel provisoire dans l'attente de la construction d'un monument définitif.
George IV d’Angleterre, ne souhaitant pas faire revenir en Angleterre des reliques de cet ancien roi catholique détrôné, préféra participer à la construction de la nouvelle église. Grâce en grande partie à son financement, un monument funéraire fut érigé dans la première chapelle du bas-côté droit et achevé en 1828 date à laquelle un cercueil contenant les trois boîtes put y trouver place.
En marbre blanc, inspiré de l’art funéraire antique, il fut réalisé par les architectes Alexandre Malpièce (1789-1864) et Jean Aimé Moutier (1791-1879), qui travaillaient alors sur l’édification de l’église. Le curé Collignon en rédigea l’épitaphe latine.
En 1855, lors de sa visite à Saint-Germain-en Laye, la reine Victoria décida de faire restaurer à ses frais le mausolée et finança la décoration de la chapelle et plus particulièrement la peinture décorative des murs réalisée par Blanchin. Les travaux furent effectués en 1857.
Et les deux autres boîtes que contenaient-elles ? On parle de « restes » de Marie d’Este-Modène et de sa fille, Louise-Marie Stuart. Mais de quels restes s’agit-il ? Ce ne peut être ni leurs corps, ni leurs cœurs dont les lieux d’inhumations sont identifiés avec précision. Et les entrailles ou autres viscères ? Les entrailles, bien que réputées inhumées au collège des Ecossais (plaques au sol à l’appui), l’acte de décès de Louise Marie Stuart, tenu par les registres de la paroisse de Saint-Germain, précise « […] et ses entrailles enterrées dans le sanctuaire du grand autel de notre église, vis à vis celles du roy Jacque second, de glorieuse mémoire, son père […] » Il s’agit clairement d’une portion des entrailles ou d’autres viscères. Idem pour sa mère.