Quelques heures auparavant la fin des robespierristes, malgré l’insistance de Coffinhal, il n’avait pas donné l’ordre à ses troupes de tirer sur les Tuileries pour intimider la Convention et, ainsi, avait-il peut-être changé la face des choses. Mais Robespierre n’avait-il pas refusé lui aussi un coup de force ? A l’Hôtel de Ville, durant la pagaille créée par l'arrestation de l'Incorruptible et de ses amis, Coffinhal, ivre de rage de voir Hanriot incapable de retenir ses troupes qui maintenant optaient pour le parti adversaire, se serait rué sur lui et l'aurait défenestrer après l'avoir traité d'incapable et d'ivrogne.
Bien que sa chute du second étage ait été amortie par un tas d’immondices, on retrouva Hanriot les os brisés, un œil arraché. Jeté sur un brancard, il fut conduit à la Conciergerie.
Partageant la seconde charrette, entre autres avec Augustin Robespierre, il fut guillotiné le lendemain avec la maigre consolation de partager le sort de son maître. La foule hurla de joie en voyant sa tête tombée.
D’abord inhumé au cimetière des Errancis, ses restes furent transférés aux Catacombes à la fermeture du cimetière.