Paris, 5 avril 1606. Une fois de plus le drame frappait Margot : son amant en titre était assassiné sous ses yeux par un des ses « ex ».
Après ce scandale, alors qu’elle était à peine de retour à Paris, la reine décida de s’installer dans ce qui allait devenir son ultime refuge. Comme pour un dernier face-à-face avec le Louvre et les Tuileries, elle avait commencé à faire construire un magnifique palais sur des terrains du Pré-aux-Clercs sur l’autre rive de la Seine dont il ne reste rien.
C’est là qu’elle vécut dépensant sans compter, entourée d’une cour brillante jusqu’à ce que, usée par une vie où l’angoisse et les épreuves n’avaient jamais cessé de se succéder, elle tomba malade et mourut.
Sa mort était à peine connue que ses créanciers fouinaient déjà autour du lit de parade sur lequel reposait la dépouille de l’ancienne reine de Navarre. Heureusement, le peuple de Paris, qui défila devant elle, était chargé de bien meilleurs sentiments à son égard.
La dernière des Valois était morte. Tandis que son coeur était confié à la chapelle des Louanges du couvent des Petis-Augustins, Marguerite de Navarre fut déposée dans la chapelle du couvent des Grands-Augustins. Durant dix-huit mois sa dépouille mortelle y resta exposée à la vénération publique avant d’être transférée, nuitamment et sans aucune cérémonie, en la basilique Saint-Denis où elle rejoignit sa terrible famille dans la rotonde des Valois.
En 1719, lorsqu'on détruisit la rotonde, sa dépouille fut transférée avec celles de ses frères dans le nouveau caveau de ses parents.
Le 18 octobre 1793, lors des profanations révolutionnaires de la basilique, ses restes furent jetés dans une fosse avant de retrouver une place dans l'ossuaire en 1817.
La longue épitaphe composée en latin par M. Séverin, avocat-général au parlement de Paris, pour son monument au coeur, fut détruite avant l’aménagement du musée. Quelques débris en furent retrouvés dans le magasin de la basilique Saint-Denis avant de disparaître.