Fin politique, on le retrouva négociateur lors du traité de Cateau-Cambrésis en 1559 et, remarquable stratège de Cour, il savait où se trouvaient ses intérêts et sut entretenir son amitié avec le maréchal de Saint-André, alors favori d’Henri II. François de Scépeaux brillait de plus en plus. Il recevait avec faste. Ses festins étaient arrosés par « moult muids de vin », ce qui fait dire à certains que « faire boire largement ses hôtes semble avoir été chez lui un procédé de gouvernement ».
La mort d’Henri II le chagrina d’autant plus sincèrement que ce dernier lui avait fait espérer le titre de connétable si Montmorency, un vieil adversaire, venait à mourir. Qu’importe, il se consola en 1562 avec le bâton de maréchal qui lui échut quand Jacques de Saint-André décéda à la bataille de Dreux.
Chargé de la répression de la conjuration d’Amboise à Rouen et à Dieppe et d’en faire appliquer la paix à Lyon, François de Scépeaux, à l’encontre des Guise ou de Montmorency, se rangea parmi les modérés. Et s’il prit une part active dans les guerres de Religion, il sut aussi faire appliquer la paix de Saint-Germain dans plusieurs provinces, paix qu’il avait par ailleurs recommandée. Après un dernier panache politique avec les Suisses, auprès de qui il avait été nommé ambassadeur, François de Scépeaux, malade, se retira dans ses terres de Durtal.
C’est durant le dernier séjour de Charles IX à Durtal en novembre 1571 que le maréchal fut « attaqué d’un mal violent » et mourut vingt quatre heures plus tard. Sa disparition fut si soudaine que l’on pensa à un empoisonnement.
Il fut inhumé dans l’église Notre-Dame de Durtal, et reposait tranquillement dans sa tombe, jusqu’à ce que ses descendants, ayant fait ériger une chapelle pour recevoir la dépouille du généralissime Paul Alexandre de Scépeaux (1768-1821) au château de Bois-Guignot à Bécon-les-Granits (Maine-et-Loire), n’y fassent transférer les restes de l’illustre dépouille.
En 1863, en creusant les fondations de la nouvelle église de Durtal on trouva les urnes renfermant son cœur et ses poumons. Les représentants de la famille de Scépeaux revendiquèrent le cœur qui, en vertu d’un arrêté préfectoral, leur fut remis et amené dans leur domaine. Les poumons restèrent à Durtal.