Dès la fuite du roi connue, on l’avait chargé de le ramener de Varennes. Ce fut l’occasion pour lui de se rapprocher de la famille royale et de devenir le « conseiller secret » de la reine avec laquelle il échangea durant plusieurs mois une correspondance pathétique. Il devint alors le grand défenseur de la monarchie constitutionnelle.
Considéré comme vendu à la Cour, sa popularité déclina. Il se retira dans son Dauphiné natal où, plein de clairvoyance, tout en faisant un examen de conscience, il analysa le phénomène révolutionnaire.
Mais, après l’insurrection du 10 août 1792, on découvrit dans un secrétaire des Tuileries des documents le compromettant.
Arrêté le 19 août, emprisonné près de Grenoble puis à Fort Barreaux et enfin à Saint Marcellin, il attendit quinze mois qu’on statuât sur son sort. Certains, dont Danton, eurent beau intervenir pour qu’il revienne sur ses écrits, rien n’y fit Après avoir été retardé, son transfert à Paris eut bel et bien lieu. Incarcéré dans la prison de l’Abbaye, Barnave connaissait l’issue fatale. Présenté devant le Tribunal révolutionnaire, il fut condamné après un procès expédié en un jour. Il n’avait pu sauver la reine. Il refusa de sacrifier ses idées.
Avec lui, mourait également son grand ami, Marguerite Louis François Duport-Dutertre. Tous deux furent inhumés dans une fosse commune du cimetiere de la Madeleine.
Leurs restes se trouvent certainement parmi ceux retrouvés dans une chambre murée de la chapelle expiatoire érigée sur le cimetière de la Madeleine.