Mais, le 20 novembre 1792, on découvrit dans la fameuse armoire de fer aux Tuileries des documents prouvant sa collusion avec la Cour. Trois ans après son inhumation, « quand la Convention, après avoir tué le roi, après avoir tué la reine, après avoir tué les girondins, après avoir tué les cordeliers, après avoir tué les jacobins, après avoir tué les montagnards, après s'être tuée elle-même, n'eut plus rien de vivant à tuer, elle se mit à tuer les morts. ».
Le 21 septembre 1794, pendant qu’avait lieu la panthéonisation de Marat, Mirabeau, le traître à la cause révolutionnaire était expulsé de la maison des Grands hommes.
Au Panthéon, devant l’entrée du caveau de Mirabeau, un huissier fit solennellement la lecture du décret qui « déclarait Mirabeau indigne de partager la sépulture de Voltaire, de Rousseau et de Descartes ». Le gardien du lieu, sommé de remettre le cercueil du scélérat, s’exécuta. Mirabeau fut sorti de son caveau, de son tombeau, de son cercueil de bois, de son cercueil de plomb, mis dans une bière et ré-inhumé dans le grand cimetière Saint-Etienne-du-Mont.
En 1798, quand le terrain du grand cimetière fut vendu, la marquise de Lasteyrie de Saillant, soeur de Mirabeau se présenta à ce cimetière pour l'exhumation de son frère qu'elle fit enterrer au cimetière de Clamart. Ce fut en vain qu'on l'y rechercha des années plus tard. Toute trace de sa tombe avait disparu. On s’avisa alors de l’existence du cercueil vide de Mirabeau dans le dépôt mortuaire. On proposa à sa sœur, de lui remettre. Celle-ci ayant décliné cette offre, le cercueil en mauvais état était toujours à la même place en 1801, comme d’ailleurs celui de Marat.