Au début de la Révolution, c'était de bon cœur qu’Elbée entrevoyait des changements, mais la constitution civile du clergé freina vite sa bonne volonté.
Après avoir émigré il revint en France. Il hésita un peu sur le choix de son action puis se décida à prendre les armes. Ses compétences et sa popularité en firent le second généralissime après la mort de Cathelineau. Gravement blessé lors de la bataille de Cholet contre Kléber, il fut rapatrié à Noirmoutier qui ne tint pas longtemps face aux Républicains. Haxo s’était engagé à ce qu’aucun mal ne soit fait aux prisonniers ce dont n’avaient cure Turreau et Dutruy. Ce fut ainsi que les chefs, les femmes et les enfants faits prisonniers furent exécutés par groupe de soixante devant l’église.
Pendant ce temps, Elbée était questionné. L’interrogatoire qu’on lui fit subir fut une véritable torture. Suppliant qu’on achevât son agonie, ses tortionnaires eurent une meilleure idée. Ils plantèrent trois poteaux au pied de l’arbre de la Liberté : un pour lui, un autre pour son beau-frère Duhoux d’Hauterive et le troisième pour son ami Boisy. Un quatrième fut réservé pour Wieland, un capitaine républicain qui avait eu le tort de capituler jadis et était pour le coup accusé de trahison.
Le 6 ou 7 janvier, Elbée, incapable de se tenir debout, fut porté sur son fauteuil sur la place d’Armes. On attacha ses deux comparses aux poteaux. Wieland, garrotté à son tour, hurlait son innocence à ses juges qui demeuraient indifférents bien qu’Elbée jurât que le malheureux disait vrai.
Après un lugubre roulement de tambour, Elbée s’affaissa dans son fauteuil où, selon l’expression de Chateaubriand, la postérité crut voir « un monarque recevant sur son trône les hommages de la fidélité ».