Mais contrairement aux attentes du roi, à peine Thomas fut-il à la tête de son épiscopat, qu’il opéra une transformation radicale en devenant l’un des plus redoutables adversaires d’Henry. Le joyeux compagnon fit place à un prélat ascétique attaché à défendre les intérêts non pas du souverain mais du clergé. Au lieu d’aider Henry à dépouiller l’Eglise de ses privilèges, il mit tout en œuvre pour libérer celle-ci de l’emprise royale !
En 1163, les deux protagonistes arrivèrent à un premier semblant de compromis qui donna satisfaction à Henry mais pas à Thomas. L’année suivante, lors d’une assemblée à Clarendon, Henry obtint du clergé de placer tous ses sujets sur un pied d’égalité judiciaire, y compris les clercs, tous dorénvant ne relevant que des tribunaux royaux. Un seul refusa de signer cet accord : Thomas Becket.
Furieux, Henry convoqua un grand conseil afin de juger et condamner Thomas pour contestation de l'autorité royale et malfaisance dans son emploi de chancelier. Thomas dénia à cette assemblée le droit de le juger, fit appel au pape puis, sentant que sa vie menacée, s'exila en France où Louis VII, ravi de contrarier Henry II, lui offrit sa protection. A coups de décrets Henry poursuivit le fugitif de sa vindicte, fugitif qui, fort de ses prérogatives, désirait voir sa position soutenue par les armes de l'excommunication et de l'interdit.
Ne cédant pas une once de terrain, Thomas n’obéirait au roi que si celui-ci reconnaissait les droits de son ordre en rendant les biens ecclésiastiques qu’il avait saisis.
Finalement on arriva à un accord et, le 3 décembre 1170, Thomas rentra en Angleterre après six ans d’exil. De retour dans son évêché, eut-il conscience que le point de rupture avec Henry II avait atteint son paroxysme sans espoir de réconciliation ? Le 29 décembre, il mourut au pied de l’autel de la cathédrale de Cantorbéry sous les coups d’épées de quatre chevaliers persuadés d’exécuter ainsi le désir du roi.