Si le pape Célestin III s’était montré faible, Innocent III ne reconnut pas la validité de l’annulation et, en 1200, après l’en avoir déjà menacé, jeta l’interdit sur le royaume. Philippe finit par fléchir. Mais, de sa retraite, Ingeburge s’acharnait à plaider sa cause auprès des prélats : elle était une épouse et une reine bafouée qui demandait à reprendre sa place et son rang. La mouche du coche résistait ! Philippe, très touché de surcroît par la mort récente d’Agnès de Méranie, lui voua une haine terrible. Certes, Ingeburge conserva son titre de reine mais elle resta douze ans prisonnière à Etampes où le roi avait fini par l’oublier.
Grâce à l’intervention de son père, Ingeburge fut cloîtrée dans un couvent près de Lille. Ce n’est qu’en 1213, soit vingt ans après la fatidique nuit de noces, que Philippe lui rendit tous les honneurs royaux, sans toutefois jamais reprendre la vie conjugale. Leur mariage ne fut jamais annulé.
Après la mort de Philippe, Ingeburge, continuait à se tenir pour reine et, à ce titre, exprima par testament sa volonté d’être inhumée en la basilique Saint-Denis. Mais saint Louis, par respect de la volonté de son grand-père et considérant qu’Ingeburge n’avait jamais été sacrée reine par l’Eglise, lui refusa l’entrée de la nécropole.
En 1203, Ingeburge avait offert à l’ordre de Malte une partie de ses biens et des droits qui composaient son douaire où l’ordre construira une commanderie.
En 1223, à la mort de Philippe Auguste, elle s’installa dans le prieuré où elle établit des prêtres de la règle de saint Augustin, selon celle des chevaliers de Saint-Jean-de-Jérusalem.
Ingeburge fut inhumée dans le prieuré, d’abord dans le chœur avant que son tombeau en cuivre ne soit déménagé en 1736 dans le transept méridional. A l’emplacement d’origine on pouvait voir, gravé dans une plaque de marbre noir, le rappel de sa première sépulture. Les armes de France et du Danemark ornaient la tête de cette inscription suivit de son épitaphe.
Sous la Révolution, son tombeau et ceux de religieux et autres personnalités qui reposaient en ce lieu furent profanés.
L’église, le plus ancien monument de la ville de Corbeil, a été transformée en musée qui accueille différentes expositions.