Villeneuve n’eut pas la chance d’y laisser sa vie. Miraculeusement indemne, il fut fait prisonnier. Le 9 janvier 1806, il assistait aux obsèques d’Horatio Nelson et s’inclinait devant le cercueil de celui qui lui avait infligé cette terrible défaite.
Libéré en avril, il devait maintenant affronter une redoutable épreuve : rendre compte à l’Empereur qui le considérait comme un couard. Carrière brisée et réputation à jamais bafouée, tel était son avenir quand il arriva à Rennes.
Le 22 avril, il dîna (déjeuner de l’époque) dans sa chambre et libéra son domestique qui souhaitait sortir. En fin d’après-midi le domestique rentra. Inquiet du silence de son maître il avertit la police qui enfonça la porte de la chambre. Dans le cabinet de toilette, l’amiral gisait au sol la poitrine inondée de sang.
Selon O’Meara, le médecin britannique qui soigna Napoléon à Sainte-Hélène : « Villeneuve, lorsqu’il fut fait prisonnier par les Anglais, fut tellement affligé de sa défaite, qu’il étudia l’anatomie pour se détruire lui-même. À cet effet, il acheta plusieurs gravures anatomiques du cœur, et les compara avec son propre corps, pour s’assurer exactement de la position de cet organe. Lors de son arrivée en France, je lui ordonnai de rester à Rennes et de ne pas venir à Paris. Villeneuve craignant d’être jugé par un conseil de guerre, pour avoir désobéi à mes ordres, et conséquemment avoir perdu la flotte (car je lui avais ordonné de ne pas mettre à la voile et de ne pas s’engager avec les Anglais), résolut de se détruire. En conséquence, il prit ses gravures du cœur, les compara de nouveau avec sa poitrine, fit exactement au centre de la gravure une longue piqûre avec une longue épingle, fixa ensuite cette épingle, autant que possible, à la même place, contre sa poitrine, l’enfonça jusqu’à la tête, pénétra le cœur et expira. Lorsqu’on ouvrit sa chambre, on le trouva mort ; l’épingle était dans sa poitrine, et la marque faite dans la gravure correspondait à la blessure de son sein. Il n’aurait pas dû agir ainsi, c’était un brave, bien qu’il n’eût aucun talent. »
Assassinat ou suicide ?
Pendant que l’enquête officielle concluait au suicide, la rumeur publique criait déjà à l’assassinat, thèse qu’on ne peut exclure sans preuve du contraire. Le retentissement de l’affaire fut énorme et long. Les Anti-Usurpateurs accusaient Napoléon Ier de ce meurtre, pendant que les autres donnaient des détails du suicide des plus fantaisistes. Ce fut l’occasion de régler des comptes par cadavre interposé.
En 1826, nouveau rebondissement. Robert Guillemard, sergent à la retraite, fait lui aussi prisonnier après Trafalgar, était revenu en France avec Villeneuve et avait partagé le même hôtel que lui à Rennes. Robert Guillemard écrivit ses mémoires dans lesquelles il témoignait du meurtre de Villeneuve dont l’assassin serait le capitaine de vaisseau Magendie qui avait été sous les ordres de Villeneuve à Trafalgar…
Son lieu de sépulture.
En fait, l’Histoire garda son secret comme elle conserva celui de son lieu de sépulture.
A ce jour, malgré les sollicitations régulières que reçoivent les archives de Rennes à ce sujet et leurs recherches, aucun document n’a jamais été trouvé concernant la tombe du vice-amiral.
Néanmoins, on sait qu’il fut enterré nuitamment sans cérémonie et sans honneur militaire comme une grosse verrue qu’on voulait cacher.
En 1789, la ville de Rennes avait créé son premier cimetière public en remplacement des petits cimetières paroissiaux appelés à disparaître ; la première inhumation y avait eu lieu en 1794.
En 1806, le cimetière de l’Espérance, devenu le cimetière du Nord, était toujours le seul endroit possible pour une inhumation. On peut raisonnablement penser que la dépouille mortelle de Villeneuve y fut déposée dans une fosse commune ou une tombe qui resta anonyme.
On peut aussi imaginer qu’il trouva une place dans un des petits cimetières paroissiaux encore non vidés de sa population. Ce qui ne change guère grand chose puisque, comme partout en France, les restes non réclamés de ces cimetières au moment de leur fermeture puis destruction, furent transférés dans une fosse commune du cimetière public.
Malgré l’opprobre jeté sur son nom en les circonstances, il figure sur l’arc de triomphe de l'Etoile sans doute en mémoire de ses mérites passés.