A son retour, il fut promu directeur du port de Rochefort, directeur adjoint des ports et arsenaux puis inspecteur général des canonniers en 1786 ainsi que chancelier du duc d’Orléans. Député de la noblesse aux Etats-généraux mais vite lassé de la politique, il retourna à la marine. Contre-amiral en 1793, il mena une division de l’escadre Truguet lors de l’expédition de Sardaigne. Arrêté sous la Terreur à cause de ses origines nobles, il fut réintégré dans son grade en 1795 avec le commandement d’une division de l’escadre de Brest.
En juillet 1801, Bonaparte lui confia la flottille de Boulogne et il réussit à empêcher Nelson de briser ses lignes d’embossage*. On lui confia ensuite une des escadres de l’expédition de Saint-Domingue. Il y appuya les opérations du général Leclerc et s’empara de Port-au-Prince.
En 1803, de retour en France, il fut promu vice-amiral et reçut le commandement de l’escadre de Méditerranée. Napoléon savait ce qu’il faisait en chargeant ce marin d’exception d’organiser la manœuvre navale en vue d’un débarquement en Angleterre. Il s’activait à la réalisation de ce plan quand, déjà bien éprouvé, il mourut d’épuisement à bord du Bucentaure, son navire amiral, en rade de Toulon.
Cette perte privait la marine française d’une rare intelligence navale et allait avoir des conséquences désastreuses pour la France.
Pour le remplacer, Denis Decrès, ministre de la Marine, n’eut pas de meilleure idée que de nommer Villeneuve qui mena la flotte française à la tragédie de Trafalgar…
Inhumé avec tous les honneurs, Latouche-Tréville repose dans le cimetière militaire sur les hauteurs de Saint-Mandrier. Sa sépulture, en forme de pyramide, domine le cimetière et garde un œil sur la mer.
Selon Emmanuel de Las Cases : « Napoléon regrettait fort Latouche-Tréville ; lui seul lui avait présenté l’idée d’un vrai talent ; il pensait que cet amiral eût pu donner une autre impulsion aux affaires. L’attaque sur l’Inde, celle sur l’Angleterre, eussent été du moins entreprises, et se fussent peut-être accomplies. » On ne peut pas réécrire l’Histoire…Pour rendre hommage à cet homme hélas oublié du grand public, la marine française baptisa de son nom un aviso, un croiseur et une frégate. Grand officier de l’Empire, son nom est inscrit sur l’Arc de Triomphe.
* Embosser: amarrer un navire de l'avant et de l'arrière de manière à le rendre fixe.