Cette distinction précoce lui valut immédiatement le parrainage et la protection de hautes personnalités radicales, tels Maurice (1869-1943) et Albert Sarraut (1872-1962). Son mentor, Georges Hilaire (1900-1976), était un radical très proche de Pierre Laval, ce qui lui permit d’attirer l’attention de celui-ci. Sa carrière préfectorale le conduisit dans les postes de sous-préfet à Vitry-le-François, de secrétaire général à Reims, de préfet de la Marne, et de plus jeune préfet de régional de France en Champagne (1941). Intelligent, sa jeunesse tranchait avec cette gérontocratie dépassée par les événements. Il favorisa l'évasion de certains prisonniers de guerre et parvint à épargner à son département de la Marne la colonisation économique par l'Allemagne nazie. Bien qu'il ne fasse pas montre « d'excès de zèle, il ne se dérobe pas à la règle du jeu de la collaboration » comme l’arrestation de militants communistes qui furent fusillés. Préférant rester dans la Marne pour y continuer son « œuvre », il fallut sa nomination par Laval au poste de secrétariat général à la Police (1942) pour que son nom rentrât dans les grandes infamies de l’Histoire.
A partir de cet instant, il occupa un rôle prépondérant dans la collaboration policière de Vichy avec l'occupant allemand. Son serment de fidélité au maréchal Pétain, la confiance de Pierre Laval, et sa conception de la souveraineté française dans les affaires de police l'amenèrent à devenir le complice actif de la déportation des juifs de France, de la traque des enfants juifs soustraits aux convois de déportation et cachés, de celle des résistants, etc.
Vint le tournant en 1943. Conscient de l'issue probable de la guerre, et de se de retrouver avec le privilège, soudain encombrant, de figurer parmi les personnages clefs du régime de Vichy, il donna opportunément des gages à certains mouvements résistance. Il alla jusqu’à se rebeller dès lors qu'on lui demandait de « frapper sans discrimination ». Perdant ainsi la confiance de Carl Oberg, « chef supérieur de la SS et de la Police » pour la France, il fut mis en « disponibilité», puis arrêté par la Gestapo le 9 juin 1944. Avec sa femme et son fils, il termina la guerre en Bavière ce qui lui permit d'obtenir le titre de « déporté en Allemagne ».
Libéré en avril 1945 par les Américains, ceux-ci, bien renseignés sur l’importance du personnage, lui proposèrent de partir directement pour les États-Unis avec sa famille. Il refusa et demanda à rentrer en France où il fut incarcéré à la prison de Fresnes le 17 mai 1945.
Pour son procès, sa chance fut d’être l'avant-dernier Français à comparaître en Haute Cour de justice en 1949. L'épuration était alors à bout de souffle, l'opinion plus préoccupée par la guerre froide et les nouveaux problèmes nés de la reconstruction. La réalité et la spécificité du génocide des Juifs manquait de visibilité dans la conscience populaire, la place faite dans les médias d'après-guerre aux rafles de Juifs étrangers de l'été 1942 fut relativement limitée.
Face à un accusé affirmant avoir collaboré avec les Allemands comme le paratonnerre avec la foudre et soutenant avec aplomb
avoir « systématiquement refusé de [s'] occuper des questions juives », à une accusation sans zèle combinée à une défense habile et percutante, le procès fut bouclé en trois jours. Bousquet était acquitté du chef « d'atteinte aux intérêts de la défense nationale », mais condamné à « cinq ans de dégradation nationale », peine dont il fut « immédiatement relevé pour avoir participé de façon active et soutenue à la résistance contre l'occupant ».
Ecarté de la haute fonction publique, il poursuivit une carrière dans la presse et à la Banque de l'Indochine. Privé d’une réussite dans la politique, il soutint et apporta son concours financier à François Mitterrand dans sa course à la présidence de l’Etat.
Mais en 1989, le passé resurgit : l'association des Fils et filles de déportés juifs de France, la Fédération nationale des déportés et internés résistants et patriotes et la Ligue des droits de l'homme déposèrent plainte contre lui pour crimes contre l'humanité dans le cadre du dossier de la déportation de 194 enfants de six départements du Sud de la France. Inculpé en 1991, l’instruction n’était pas achevée quand il fut assassiné par balles à son domicile parisien par Christian Didier.
René Bousquet fut inhumé dans la plus grande discrétion au cimetière de Larrazet, fief de sa belle-famille, où la tombe fut longtemps l’objet de dégradations avant que le temps ne fasse son œuvre .