Finalement, en 1798, il retourna à l’armée et, après divers commandements, se fit battre à Stockach (1799). Et de quitter de nouveau l’armée pour retourner au conseil des Cinq-Cents comme un des meneurs du parti néojacobin.
Adversaire de Bonaparte, il condamna le coup d’Etat du 18 brumaire ce qui lui valut d’être exclu du Corps Législatif et détruisit ses ambitions. Menacé de proscription, mais protégé par Lefebvre, il finit par se rallier à Bonaparte qui le nomma conseiller d’Etat, administrateur du Piémont et lui offrit son bâton de maréchal d’Empire en 1804.
Gouverneur de Naples (1806), il devint l’ami et le conseiller militaire du roi Joseph Bonaparte qu’il suivit en Espagne, comme major général et gouverneur de Madrid, quand ce dernier en devint le roi. Il y livra ses dernières batailles dont celle de Vitoria (1813) où Wellington le battit à plates coutures. Il rentra en France et fut mis à la retraite. Mais, à la chute de Napoléon Ier, cet ex-jacobin rallia Louis XVIII. Pendant les Cent-Jours, il reçut le commandement de Besançon et, sous la seconde Restauration, obtint le titre de comte, un gouvernement militaire et un siège à la Chambre des Pairs. Lors du procès du maréchal Michel Ney, en 1815, il présida le conseil de guerre qui se déclara incompétent pour juger son ancien compagnon d’armes. On se souvient du président, mais on oublie que d’autres maréchaux d’Empire étaient aussi présents.
Après avoir renié Napoléon Ier, il tourna le dos aux Bourbons en 1830 pour se rallier à Louis-Philippe qui, voyant en lui une sorte de caution révolutionnaire, en fit un éphémère ministre des Affaires étrangères du 2 au 11 août 1830.
Il termina sa carrière comme gouverneur des Invalides. A ce titre, Jean-Baptiste Jourdan reçut le privilège d'avoir sa tombe dans ce cimetière prestigieux. II fut inhumé dans le caveau des gouverneurs de la cathédrale Saint-Louis-des-Invalides sous une dalle à droite de l’autel.
Son nom est inscrit sur l’arc de Triomphe.