La conversion au catholicisme de Navarre en 1593, que Duplessis-Mornay avait combattue, explique qu'il devint le trait d'union indispensable entre le roi et les protestants. Il joua de tout son prestige auprès du premier pour obtenir un statut légal privilégié réservé aux Eglises réformées, et ne cessa de rappeler aux seconds la nécessité de leur soumission au pouvoir monarchique dont il était un soutien indéfectible. A ce titre, son rôle fut essentiel dans l'élaboration de l'édit de Nantes.
Il s'éloigna peu à peu d'Henri IV à cause de ses convictions religieuses affirmées. Disgracié, il s'installa à Saumur, place de sûreté huguenote, qu'il transforma en capitale européenne du protestantisme par la fondation d'un collège et d'une académie, de grand renom au point qu'on parla de «seconde Genève» ou « d Athènes du protestantisme » selon Voltaire. Louis XIII le destitua de sa charge en 1621.
Frappé par une attaque d'apoplexie, dont il sortit probablement diminué, le « pape des Huguenots » se retira dans sa baronnie de La Forêt-sur-Sèvres où, aidé de son fidèle secrétaire Jean Daillé, il classa ses abondantes archives, préparant ainsi l'édition de ses Mémoires.
Victime de nouvelles attaques, avant de s’éteindre on l’entendit murmurer des paroles latines et grecques d’une haute philosophie dont le mot de Pindare: « l’homme est le songe d’une ombre .
Il décéda entouré des siens en son château selon les rites du bien-mourir réformé.
Duplessis Mornay avait acheté et fait bâtir sa sépulture en annexe du temple de l’Eglise réformée de Saumur. Terminé en 1592, l’ensemble comportait deux caveaux, l'un destiné à son fils et à sa propre famille, l'autre à des personnalités amies. Son fils, Philippe, qui trouva la mort le 23 octobre 1605 en combattant dans l’armée du prince Maurice à Gueldres, y fut inhumé, porté en terre par les deux religions.
Depuis la mort de son fils et de sa femme, Duplessis avait adopté la devise : « Mihi bis anhelo superstes
(qu’on peut traduire par : A moi deux fois accablé tu restes seul) qu’il fit graver sur le tombeau de sa femme et de son fils, contrairement aux prescriptions de sa religion qui interdisait les plaques tombales.
En 1623, il exprima dans un codicille qu'il ajouta à son testament, le vœu de ne plus être inhumé dans l'annexe du temple, car « l'estat de la ville de Saumur est grandement altéré..., le peuple de contraire Religion audit lieu s'est montré extrêmement animé contre nous sans nul sujet ».
Le temple fut démoli en 1685 après la révocation de l’Edit de Nantes et l’annexe détruite.
Le temple actuel de 1844 est à proximité du premier temple.
Clairvoyant, Duplessis se méfiait d’éventuelles profanations dans le futur. Dans son testament, il priait sa fille Anne et son gendre Jacques de la Tabarière des Noue de transférer son cercueil, celui de son fils et de sa femme († 1606) dans un enclos de leur château de Sainte Hermine en Poitou. Au cas où, il leur léguait une somme à cet effet.
Mais l'histoire de sa sépulture s'est, semble-t-il, écrite autrement. Bien qu'aucune preuve n'est jamais été établie, plusieurs auteurs s'accordent sur le point suivant: mort dans son château de La Forêt-sur-Sèvre, près de Cerizay, dans les Deux-Sèvres, il y aurait été inhumé dans un temple situé sur une petite île de la propriété, après y avoir fait transférer les dépouilles de sa femme et de son fils. Incendié à la Révolution, le château présente encore de beaux vestiges mais le temple a disparu sans que rien n'y soit jamais découvert.
Il m'est aussi arrivée de lire qu'il rejoignit son fils dans l'annexe du temple de Saumur sans pompe ni mondanité...
En conclusion, fut-il inhumé à Saumur puis transféré à la Ferté ou directement à la Ferté ? La piste d'une tombe à Sainte-Hermine, elle, semble exclue. Une fois de plus, seule la découverte de documents ou d'éléments archéologiques permettrait d'ouvrir cette impasse.