Ce n’est pas tout ! Bien qu’hostile à la suppression des dîmes et des ordres monastiques, il participa à l’élaboration de la Constitution civile du clergé et fut le premier à prêter serment le 27 décembre 1790. Absent lors du vote final du procès du roi, il envoya un courrier indiquant qu’il approuvait la condamnation tout en précisant que sa religion lui interdisait de verser le sang ce qiu le fit regarder comme un régicide malgré tout.
Et cela continue ! Il fut à l’origine du Conservatoire des arts et métiers, du Bureau des longitudes, de l’Institut de France, fut bibliothécaire de l’Arsenal, fonda à Paris une revue les Annales de la Religion et obtint la liberté de culte en février 1795.
Aucune raison de s’arrêter ! Il s’opposa à l’élaboration du Concordat tel que le concevait Bonaparte et vota systématiquement contre un Consulat à vie, contre l’Empire, contre le rétablissement d’une noblesse héréditaire, mais accepta bien volontiers de Napoléon le titre de comte en 1808 !
Lorsqu’il mourut, l’archevêque de Paris tenta bien de s’opposer à la célébration du service funèbre à Saint-Germain-des-Prés, mais ce fut en vain. Par testament, il exprimait ces voeux: "Je désire qu'on appelle des pauvres à mon convoi, je veux emporter leur bénédiction"... Plus loin : "Sur ma tombe on placera une croix de pierre, avec mon nom et cette inscription : "Mon Dieu, faites-moi miséricorde et pardonnez à mes ennemis".
Il mourut presqu'ignoré par le pouvoir révolutionnaire de Juillet. Il l'avait pressenti, puisqu'en tête de ce testament, il avait écrit : "Je présume que peu de personnes assisteront à mon inhumation, les amis dignes de ce nom sont si rares. Je pardonne de tout coeur... même aux furibonds qui ne manqueront pas de m'insulter jusqu'au delà du tombeau. Je laisse à mes amis, aux hommes iustes et impartiaux la défense de ma mémoire".
Au sortir de l'église, des jeunes gens dételèrent les chevaux du char funèbre et le traînèrent à bras jusqu'à sa tombe au cimetière du Montparnasse.
Le cortège qui suivit comprenait plus de 20 000 personnes, en majorité des ouvriers, des étudiants, des enseignants mêlés aux décorés de Juillet, aux députés de l'opposition et plusieurs des anciens collègues de l'abbé aux Assemblées républicaines, de retour dans leur patrie grâce à la nouvelle révolution populaire. Il ne pouvait recevoir plus bel hommage.
En décembre 1989, profitant des commémorations du bicentenaire de la Révolution ses restes rejoignirent ceux des grands ouvriers de la République. Sa sépulture à Montparnasse a depuis disparu et la croix qui l'ornait fut transférée en 1990 à Embermenil.
De ce chrétien sincère, moraliste, rigide, Jules Michelet disait : « Grégoire s’était fait deux divinités : le Christ et la démocratie, qui, dans son esprit, se confondaient en une seule, puisqu’elles étaient censées incarner, à ses yeux, l’une et l’autre, le même idéal d’égalité et de fraternité ».