Fidèle parmi les fidèles de Robespierre, s’il ne fut qu’un théoricien moyen, il donna le meilleur de lui-même dans ses missions militaires permettant à l’armée du Rhin et du Nord des succès inespérés.
Mais quand cet homme sans nuance, acharné de la guillotine revint à Paris à la fin du mois de Juin 1794, les choses avaient manifestement changé. En fait, dans l’ombre, Thermidor se préparait. Et il eut beau, les 4 et 5 thermidor (22 et 23 juillet) tenter une réconciliation, tout était déjà consommé. Le 8 thermidor, Robespierre, sortant enfin de son silence dans lequel il s’était enfermé depuis un moment, prononça son fameux et dernier discours qui se termina par son arrestation et celle, entre autres, de Saint-Just qui, curieusement, se laissa faire sans résistance.
Libéré par les partisans de Robespierre, il fut entraîné à l’Hôtel de Ville et, là aussi, comme frappé d’atonie, il se laissa arrêter de nouveau et, les poings liés, suivit à pied les corps mutilés de ses amis Maximilien et Augustin Robespierre et Le Bas.
Le lendemain, alors que dans les charrettes le comportement de ses comparses allait de la rage à l’abattement, Saint-Just fut sans doute le seul à ne pas se dérober aux manifestations haineuses qui entouraient les condamnés. Il faisait face sans colère mais aussi sans regret et sans faiblesse. Quand vint son tour de monter à l’échafaud, il embrassa Couthon, salua Robespierre d’un simple « Adieu ». Sans faillir, il mourut à l’aube de ses vingt-sept ans ; et Paris respira.
On ne saura jamais véritablement pourquoi il réagit si peu à la chute de l'Incorruptible et à la sienne. Détail historique sans importance penseront certains ; peut-être pas, car compte-tenu de sa position et de sa relation avec Robespierre, le détail pourrait en dire beaucoup.
D’abord inhumé dans une fosse commune au cimetière des Errancis, ses restes furent transférés aux Catacombes à la fermeture du cimetière.