Ayant contribué au 18-Brumaire, il entra au corps législatif, au Conseil d’Etat, négocia les traités de Mortefontaine avec les Etats-Unis (mettant un terme à la Quasi guerre entre les deux états), de Lunéville avec l’Autriche et d’Amiens avec l’Angleterre.
Entré au Sénat, il refusa la couronne d’Italie en 1805, mais accepta celle de Naples l’année suivante.
En 1808, l’Empereur lui proposa le royaume d’Espagne où, dès son arrivée, il regretta amèrement Naples. En but aux combats menés à la fois contre les insurgés des Cortès et le général Wellington, répugnant à faire la guerre à se sujets, Joseph ne parvenait pas à s'entendre avec les maréchaux commandant les forces françaises. Perçu par une majorité d'Espagnols comme un roi illégitime, ses ennemis lui attribuèrent le surnom de
« Pepe Botella » (« Jojo la bouteille ») en mémoire de ses premiers décrets qui ont concernaient les boissons alcooliques et les jeux de cartes.
Bien que ses réformes aient moins de succès qu'à Naples, l'un de ses actes les plus retentissants fut l'abolition en 1808 de l'Inquisition espagnole qui fut rétablie par Ferdinand VII. Il abandonna son royaume et rentra en France en 1813.
Lieutenant-général de l’Empire en 1814, avec mission de défendre la capitale, faute de moyens il ne put maîtriser les évènements. En pleine Bataille de Paris, il quitta la capitale après avoir donné l'autorisation aux maréchaux de capituler.
Pendant les Cents-Jours, il fut chargé de la présidence des ministres en l’absence de l’Empereur.
A la chute de l’Empire, cet homme simple et bon, cultivé et soucieux du bien public qui n’avait guère d’attirance pour le pouvoir, s’établit aux Etats-Unis, près de Philadelphie, où il vécut paisiblement sans les siens sous le nom du comte de Survilliers jusqu’en 1832.
Après quelques années passées à Londres, il retrouva Julie à Florence, en 1840, après la mort de leur fille Charlotte. Julie lui avait pardonné ses infidélités. Il mourut dans ses bras.
Joseph Bonaparte fut inhumé en la basilique Santa Croce de Florence où sa fille Charlotte reposait déjà et où Julie les rejoignit.
En 1862, Napoléon III fit rapatrier sa dépouille pour qu’elle soit inhumée près de Napoléon Ier et de Jérôme, dans l'une des chapelles de la rotonde de l'église du Dôme des Invalides actuelle chapelle saint-Augustin.