Après la chute de Robespierre, la protection de Cavaignac lui évita des poursuites et l’insurrection royaliste du 13 vendémiaire le remit en selle : réussissant à ramener 40 canons de la plaine des Sablons (Neuilly-sur-Seine) aux Tuileries, Bonaparte le fit nommer chef de brigade. En devenant l’aide de camp du petit Corse, Murat trouvait une nouvelle idole à adorer et un moyen d'accélérer une carrière compromise. Son courage à la limite du téméraire le distingua aussi bien en Italie qu’en Egypte notamment lors de la bataille d’Aboukir où il fut nommé général de division.
Embarquant pour la France avec Bonaparte, il prit une part considérable au coup d’Etat de Brumaire et fut nommé commandant de la garde consulaire. En épousant Caroline Bonaparte (1800), Murat entra officiellement dans le clan familial du Premier consul.
Encore distingué par un sabre d’honneur que lui valut son hardiesse à Marengo, l’Empire le couvrit de titres : maréchal (1804), grand amiral (1805) et prince comme membre de la famille impériale. Grand-duc de Berg et de Clèves après une brillante campagne en Allemagne, -sa charge, lors de la bataille d’Eylau (1807) fut décisive-, il devint lieutenant général du royaume d’Espagne au côté du roi Joseph Bonaparte et obtint de le remplacer comme roi de Naples en juillet 1808. Néanmoins, en lui octroyant cette couronne, Napoléon savait l’inconvénient à laisser Joachim livré à lui-même : si Murat avait de l’énergie et du courage auprès de lui, c’était un homme faible et de moindre caractère dès qu’il était abandonné à ses aspirations.
A partir de ce moment, son destin prit une nouvelle tournure. Pratiquant sa propre politique afin de sauver son trône lorsque l’Empire vacilla, s’il participa avec panache à la campagne de Russie, il abandonna l’armée en déroute au début de 1813 pour revenir à Naples et commencer les négociations avec l’Angleterre et l’Autriche.
Cependant, la même année, à l’appel de son beau-frère, il commanda la cavalerie en Saxe. Mais Napoléon ayant refusé de lui céder le royaume d’Italie, il s’allia à l’Autriche (janv. 1814) qui le confirma comme roi de Naples. Ah, si Murat était mort sur un champ de bataille, toute sa gloire acquise aurait continué à auréoler son nom. Mais Murat avait trahi l’Empereur.
Rebondissement ! Les Bourbons, lors de la première Restauration, exigeant de récupérer la trône de Naples, Murat se rallia à Napoléon durant les Cent-Jours avant même que celui-ci n'atteigne Paris, mais se fit battre à Tolentino le 2 mai 1815. C’était fini. Il pouvait aussi abandonner son rêve de devenir roi des Deux-Siciles. Il se réfugia en Provence espérant que l’Empereur l’appelle à l’armée.
Ce dernier refusa, ce qu’il regretta d’ailleurs par la suite. Mais comment imposer la figure d’un traître à l’armée ?
À l'annonce de la défaite de Waterloo, il s'enfuit en Corse où, vite entouré par près de mille partisans, il se prit à rêver d'une reconquête de Naples. En toute hâte, il monta une expédition qui arriva le 8 octobre 1815 devant le petit port calabrais du Pizzo. Mais alors qu’il croyait soulever l'enthousiasme de la population, celle-ci se montra hostile. Les Calabrais avaient bien en mémoire la sévère répression du brigandage sous son règne.