Au début de l'année 1806, Napoléon distribua des terres et des titres à ses proches, et pensa d'abord attribuer à Caroline la principauté de Neuchâtel. Bien trop insignifiant pour Caroline qui refusa.
A force d’assiéger l’Empereur, Caroline et Murat obtinrent la création du grand-duché de Berg, formé des duchés de Berg et de Clèves, destiné à servir de « barrage » entre la France et la Prusse en cas de conflit. Murat y partit. Insuffisant pour Caroline qui préféra rester à Paris s’affichant dans son salon du palais l’Elysée avec Andoche Junot puis Metternich. Caroline était volage.
Ah, une couronne royale ! Voilà qui aurait de l’allure ! Elle espérait celle de la Pologne ou alors celle d’Espagne qu’obtint Joseph. Finalement, entre le Portugal et Naples, Murat opta pour cette dernière en 1808. Caroline était enfin reine ! Et il faut bien l’admettre, elle sut prendre des décisions importantes dans le domaine économique notamment en développant le secteur manufacturier qu’elle modernisa ou en s’occupant l'éducation des jeunes filles napolitaines. Elle importa et favorisa également les arts français comme la mode, le théâtre et la cuisine.
Murat, qui n’entendait pas lui laisser les rênes du pouvoir, la relégua au gynécée. Caroline se vengea comme elle put en le trompant d’abondance. Mais elle savait aussi le conseiller et le calmer lorsqu’il étouffait de rage après une nouvelle avanie de son beau-frère d’Empereur. Ce frère impérial qu’elle s’entendait à merveille à apaiser quand il s’irritait d’une bêtise de Murat.
Enfin régente durant la campagne de Russie, Caroline s’acquitta fort bien de sa tâche. Mais en janvier 1813, malgré les ordres de Napoléon, Murat quitta la Grande Armée pour se précipiter à Naples et annuler toutes les mesures prises par sa femme en son absence.
Et puis, craignant que Napoléon ne rattache son royaume à l’empire français ou au royaume d’Italie, il commença des tractations avec Metternich pour sauver sa couronne. D’abord faites à l’insu de Caroline, cette dernière y adhéra. Une alliance fut conclue.
A la première abdication, le couple refusa toute aide à l’Empereur exilé à l’île d’Elbe. S'ensuivit une période de relative tranquillité à Naples. Mais les Anglais, eux, ne reconnaissaient toujours aucune alliance avec les souverains de Naples.La chose aurait-elle pu se faire ? On ne le saura jamais.
Avec le projet de libérer l’Italie et d’en devenir roi, Murat eut la bêtise de renouer avec Napoléon durant les Cents-Jours. En vain Caroline avait tenté de l’en dissuader. Il quitta Naples le 17 mars 1815.
Devant cette rupture de l'alliance, Metternich rompit avec le royaume de Naples le 5 avril et demanda à Caroline la reddition du royaume le 26. Elle refusa.
Le 7 mai, elle fit partir de Naples sa mère Letizia, son oncle Joseph Fesch et son frère Jérôme. Caroline se plaça alors sous la protection des Anglais qui la conduisirent à Trieste tandis que Murat était exécuté. Mais sa présence étant vite jugée indésirable par les Autrichiens, elle partit près de Vienne où elle prit un nom d’emprunt. Autorisée à revenir à Trieste en 1824, elle obtint, en 1831, elle obtint la permission de s'installer à Florence, au Palazzo Griffoni où elle mena grand train avant d’y mourir d’un cancer de l’estomac comme beaucoup d’autres membres de sa famille.
Caroline Bonaparte fut inhumée en l’église Ognissanti de Florence où elle a toujours sa tombe. En aucun cas, elle ne repose au cimetière du Père-Lachaise dans la sépulture de la 39ème division achetée par la descendance du couple et lui servant de cénotaphe.