Cette étape importante dans la pacification des tensions du pays marquait officiellement la fin des persécutions religieuses en France. Bien que catholique et patriote, en faisant pour la première fois toute leur place dans la nation aux juifs et aux protestants, Portalis se montra un authentique fils des Lumières.
Néanmoins, il accueillit la Révolution avec modération dont les excès le détachèrent rapidement. Favorable à une monarchie constitutionnelle, sa plaidoirie pour la défense du Roi, lui valut d’être traqué puis arrêté. La chute de Robespierre lui sauva sa tête.
Président du Conseil des Anciens (1796), il s’opposa à la déportation des prêtres qui n’avaient pas prêté serment à la Constitution civile du clergé, prit la défense des émigrés, combattit la résolution relative aux délits de presse, s'opposa à la création d'un ministère de la Police, etc.
Impliqué dans la conspiration royaliste de La Villeheurnois, proscrit par le coup d’Etat du 18-Fructidor et condamné à la déportation en Guyane, il se cacha à Passy puis en Suisse et ne revint en France qu'après le coup d'État du 18-Brumaire.
Bonaparte, qui appréciait les talents cet homme de la continuité, de caractère loyal, désintéressé et doté d'un esprit conciliateur -ses détracteurs parlent de manque de caractère- le chargea de préparer les articles de la paix d’Amiens (1802) qui mit fin aux hostilités entre la France et la seconde coalition. Nommé directeur, puis ministre des Cultes (de 1804 à sa mort), il fut, avec le cardinal Caprara, l’artisan du concordat, promulgué le 18 avril 1802, qui rétablissait la religion catholique et signait la paix religieuse en France. Affaire que Napoléon lui reprocha parfois de ne pas mener avec suffisemment de poigne. Pendant le Consulat, il convainquit le Sénat d’accepter le régime impérial.
Mais Portalis, c’est aussi le Code civil à l’élaboration duquel il participa si activement, sous la direction de Tronchet, qu’on lui en attribue souvent la paternité, ce qui est excessif. Promulgué le 21 mars 1804, sur une France durement secouée par l'Histoire, il établit une législation uniforme, synthèse du droit d'Ancien Régime et des idées nouvelles, sur laquelle repose toujours notre droit et qui a, depuis, inspiré les lois de dizaines de pays dans le monde.
Ni par sa génération, ni par ses origines sociales, ni par son éducation intellectuelle, ni par ses idées et sa vision du monde, Portalis ne semblait devoir prendre part à la geste napoléonienne, et pourtant, il fut un important maître d’œuvre des legs de cette période, même si certains minimisent son rôle.
Grand officier de la Légion d’honneur, membre de l’Académie française, comblé de reconnaissance et de médailles, il fut malheureusement atteint d’une cécité presque complète qu’une opération ratée rendit totale. Poursuivant malgré tout sa tâche ministérielle, il fut emporté par une pneumonie aiguë.
Point de cimetière et de simple tombe. Le 29 août, après des funérailles nationales voulues et organisées en grande pompe par l’Empereur, Jean Portalis fut inhumé au Panthéon.
A sa façon, son fils, Joseph Marie Portalis, se distingua également.