Devenu suspect, entre autres parce qu’il figurait sur le testament de Louis XVI, Tronchet resta caché sous la Terreur dans sa maison de Palaiseau. Ressorti de sa tanière à la faveur du 9 Thermidor, Bonaparte fit appel à aux compétences de ce juriste clairvoyant pour présider, de 1800 à 1804, la commission chargée de rédiger le Code Civil des Français, dit « Code Napoléon ». Sénateur, il s’opposa au Consulat à vie, opposition dont le futur Napoléon n’avait cure.
Un décret de 1802, où il est qualifié de « premier jurisconsulte de France », lui permis d’accéder à la présidence du sénat et l’ensemble de son œuvre lui ouvrit les portes d'une tombe au Panthéon qu’il intégra le 17 mars 1806. Il fut le premier dignitaire à bénéficier des nouvelles dispositions funéraires du 20 février 1806 consistant à la restitution du monument au clergé et à l'affectation de la crypte à l'inhumation des dignitaires civils de l'Empire.