Après l’abdication de Fontainebleau, il remit sa démission. Toutefois, peut-être pour satisfaire sa belle-famille royaliste, il accepta de Louis XVIII le commandement de la garnison de Grenoble. Mais le retour de Napoléon de l’île d’Elbe fit basculer son destin. Envoyé pour arrêter la progression de « l’usurpateur », il fut le premier colonel de l'armée à abandonner les drapeaux du roi pour passer sous ceux de l'Empereur qu’il accompagna dans sa marche sur Paris. Reconnaissant, ce dernier le créa successivement général de brigade, puis pair de France, enfin son aide de camp. C'est à ce titre qu’il participa aux batailles de Ligny, Quatre-Bras et finalement Waterloo avec l’issue que l’on connait mais qu’il fut l’un des derniers à quitter.
Arrivé trop tard à la Malmaison pour accompagner l’Empereur déchu dans son exil, et englobé dans l’Ordonnance royale du 24 juillet 1815 (prémices de la Terreur blanche) qui condamnait au conseil de guerre des personnalités ayant servi Napoléon pendant les Cents Jours après avoir prêté allégeance à Louis XVIII, il n’avait d’autre choix que la fuite.
Grâce à un passeport, au nom de Huchet, pour se rendre en Amérique, il lui restait à atteindre la Suisse, première étape de son exil et de sa liberté .
Il y fût parvenu sans encombre s’il n'avait commis l’erreur de passer par Paris pour faire ses adieux à son épouse et à son fils. Dénoncé par un officier de gendarmerie, qui se trouvait avec lui dans la voiture des messageries royales, il fut arrêté le 2 août 1815.
Tous les efforts de Georgina pour appeler à l’indulgence restèrent vains. Par crainte pour sa famille, La Bédoyère refusa l’opportunité d’une évasion. Traduit devant un conseil de guerre le 14 août, reconnu coupable de trahison et rébellion, il fut, sans surprise, condamné à mort. Amené en fiacre dans la plaine de Grenelle, il commanda lui-même l'ordre de feu au peloton. Il n'avait pas trente ans.