Issu de parents divorcés, après la mort de son père sous l’échafaud, il retrouva sa mère et sa sœur Hortense sous la protection du général Lazare Hoche dont il fut l’aide de camp.
Attaché son beau-père Napoléon Bonaparte, il en suivit l’ascension. Docile, tenace et endurant, il était à l'armée d'Italie comme sous-lieutenant des hussards et gagna ses galons d’officier puis de colonel d'un régiment de la Garde Consulaire. Jeune homme accompli, d'une rare élégance, à la stature parfaite, l’Empereur lui fit épouser, en 1806, Augusta-Amélie de Bavière, fille de l'électeur Maximilien, futur roi de Bavière, avec la quelle il eut un mariage heureux.
Son dévouement lui valut la vice-royauté du royaume d'Italie qu'il administra sous l'autorité de Napoléon. Malgré le peu d'initiatives que celui-ci lui laissait, il réussit, accompagné de sa femme, à organiser à Milan une cour assez vivante et détendue.
Affecté par la séparation du couple impérial, il refusa toute faveur nouvelle qui n'aurait été pour lui que le prix du divorce de sa mère.
Jusqu’à la naissance du Roi de Rome, il fut l’héritier présomptif de l’Empire. De toutes les campagnes, il se couvrit de gloire à la Moskowa et à la Bérézina.Il sut aussi résister aux pressions de son beau-père, Maximilien, lui laissant espérer le royaume d'Italie s'il trahissait Napoléon. A la première abdication de ce dernier, il regagna Munich où il put jouir de l'estime des Wittelsbach. Témoin attristé de l’épopée des Cents-Jours, de sa fin à Waterloo et de la seconde abdication, Eugène ne joua plus rôle ni politique ni militaire.
Après avoir reçu de son beau-père le duché de Luchtenberg et la principauté d’Eichstätt, il se contenta de de gérer sa fortune et de placer sa nombreuse progéniture. Avec sa femme, ils réussirent si bien à marier leurs enfants qu’ils sont les ancêtres de la plupart des dynasties régnantes d'Europe (actuels roi de Norvège, Suède, Danemark, Belgique, Luxembourg et Grèce).
Après plusieurs attaques d'apoplexie, la dernière le mena à la tombe. Le prince Eugène mourut à l'âge de quarante-deux ans.
Sincèrement pleuré dans sa belle-famille et par le peuple de Bavière qu'il avait su séduire par son intelligence et la droiture de son caractère, ses grandioses funérailles furent conduites par son beau-père, le roi de Bavière en personne.
Eugène de Beauharnais fut inhumé, près de sa fille, Caroline Clotilde, dans la crypte de l’église Saint-Michel de Munich, nécropole des Wittelsbach où repose, entre autres, Louis II de Bavière. Son cœur est également conservé dans cette crypte.
Dans la nef de l’église, son très beau cénotaphe, érigé en tombeau, est une oeuvre de Bertel Thorvaldsen et d'Ernst Mayer (les anges).