Devenu l’un des principaux collaborateurs de Bonaparte, conseiller d’Etat, le Premier consul lui confia l’armée de l’Ouest pour en terminer avec les insurrections vendéennes et chouannes qui finirent par déposer les armes.
En août 1800, remplaçant Masséna à la tête de l’armée d’Italie, il s’empara de Vérone, de Vincence, signa l’armistice de Trévise et remporta, sur les Autrichiens, la « victoire de Monzambano » lors de la bataille de Pozzolo.
Néanmoins, resté très Républicain, ses faits d’armes remarquables mettaient mal à l’aise Bonaparte, dorénavant nommé consul à vie, qui l’éloigna en le nommant ambassadeur à Constantinople de 1802 à 1804. Toutefois, dès qu’il fut érigé à la dignité impériale par le Sénat (18 mai 1804), Napoléon le désigna le lendemain parmi ses premiers maréchaux et le fit grand aigle de la Légion d'honneur.
De retour en France, nommé général en chef du camp de Boulogne, gouverneur des villes hanséatiques (1806), commandant du corps d’observation de la Grande Armée, il n’en continuait pas moins à inquiéter l’Empereur par ses opinions politiques. Un Républicain affirmé au fait de sa carrière, et de cette réputation, dans le décor de l’Empire faisant désordre, une solution s’imposait.
En 1807, alors qu’il était chargé de conquérir la Poméranie, qu’il se dirigeait vers la Baltique et qu’il avait pris Stralsund et l’île de Rügen, la disgrâce impériale vint le frapper brutalement sous le prétexte que, lors d’une convention avec la Suède, il mentionna « l’armée française » au lieu de « l’armée de Sa Majesté impériale ».
Resté sans emploi jusqu’en 1814, il se rallia aux Bourbons qui rechignèrent à l’accueillir. Mais, lors des Cent-Jours, ses sympathies allant toujours à la République, il accepta sans hésiter le commandement du camp d’observation du Var, chargé de protéger la frontière avec le Piémont, que lui confia Napoléon. Après Waterloo, ne pouvant se résigner à hisser le drapeau blanc, il laissa flotter le drapeau tricolore à Toulon jusqu’au 31 juillet 1815. Cet acte de bravade allait lui coûter la vie.
Sous la menace d’une inculpation, il se rendait à Paris quand, arrivé Avignon, il fut lâchement assassiné par la population ameutée par les royalistes. Malgré l’intervention du maire qui tenta le sauver, un portefaix et un taffetassier, suivis de trois ou quatre individus, réussirent à pénétrer dans l’auberge où il se trouvait et à le tuer.