Chambellan du roi, dépêché pour des missions diplomatiques -comme monnayer les droits de la France sur la Franche-Comté par les Cantons suisses, préparer la paix d’Arras ou faire venir Saint-François de Paule auprès du roi -, dorénavant face à son allié d’autrefois, il fut notamment nommé gouverneur du duché de Bourgogne.
Capitaine commandant de Besançon (1482), puis de Provence (1483), à cette occasion il reçut les revenus du château de Baux.
Créé maréchal de France en 1486, il combattit avec succès l’opposition féodale menée par le duc d’Orléans, futur Louis XII. Rentré dans sa province de Bourgogne (1490), il encouragea Charles VIII dans sa campagne de Naples. Son affrontement avec les troupes de Maximilien d'Autriche qui harcelait ses frontières (1495), fut sa dernière grande campagne. A son avènement, Louis XII le confirma dans sa charge de gouverneur de Bourgogne (1498).
En 1483, à la demande de Ferdinand Ier, roi de Naples, Jean de Baudricourt fut chargé d’aller chercher François de Paule dans son couvent de Paterne pour l’amener à la cour de Naples avant son départ pour Rome puis pour la France où Louis XI en espérait des miracles en sa faveur.
Devenu l’un des plus puissants officiers de la cour, il avait fondé le couvent des Minimes de Bracancourt (Haute-Marne). Mais, mort à Blois, très attaché aux Minimes et au souvenir de François de Paule, Baudricourt souhaita reposer dans le couvent fondé par le futur saint au Plessis-lez-Tours durant l'hiver 1491/1492. Selon ses volontés, il y fut inhumé au milieu du chœur de l’église conventuelle des Grands Minimes.
Sa tombe fut profanée par les protestants en 1562, et la plaque en cuivre qui recouvrait son corps fut détruite par la même occasion. De l’ancien couvent, il ne reste que le corps du logis du 17ème siècle et une petite tour du 18ème siècle.