Jeanne aimait son mari, amour hélas non partagé et, dès qu’il devint roi, Louis, sans héritier demanda l’annulation du mariage ce que Jeanne refusa. Après vingt-deux ans d’union la chose n’était pas facile, mais d’expertises en procès Louis obtint gain de cause.
Jeanne, la mort dans l’âme se retira à Bourges où elle fonda, en 1501, l’ordre contemplatif de l’Annonciade, ordre approuvé par Alexandre VI, le même pape qui avait accepté la requête en séparation de Louis XII. Jeanne conserva toujours une amitié pour ce mari qui n’avait pas voulu d’elle.