Jusqu’à son dernier souffle, la reine de Navarre, fit preuve de sa foi inébranlable, parfois jusqu'à l'excès.
Ainsi, en 1562, avait-elle imposer le protestantisme à Vendôme, laisser faire la mise à sac de la
collégiale Saint-Georges dont elle bénéficia financièrement, fait désarmer la ville par crainte de représailles, etc.
Quelques jours avant sa fin, elle avait exprimé sa volonté de quitter ce monde sans prêtre, sans prière autre que celle d’un ministre, sans crucifix ni eau bénite.
Parmi les visites qu’elle reçue, il y eut celle de sa future belle-fille accompagnée de Mme de Nevers, ancienne maîtresse de son mari, Antoine de Bourbon, qui se présentèrent à son chevet la veille de son trépas. Henri, devenu roi de Navarre, absent de Paris, n’avait pu assister aux derniers instants de sa mère. L’idée le traversa qu’elle avait peut-être été empoisonnée. Ambroise Paré, qui selon les vœux de Jeanne, - elle se plaignait de « démangeaisons » à la tête-, avait effectué une autopsie le rassura : elle était bien morte de causes naturelles. Elle avait demandé à être inhumée dans son domaine de Vendôme, dans cette même église qu'elle avait participé à ravager, le "temple Saint-Georges" comme elle l'appelait, mais où reposait déjà son époux. Ce qui fut fait.
Ainsi, fut-il épargné à Jeanne d’être le témoin de la tragique Saint-Barthélemy le 24 août suivant.
A la suite de l'épitaphe d'Antoine de Bourbon, placée sur une table de bois recouverte d'un parchemin, se lisait la sienne (sic) :
[...] En le meme lieu gist tres haute et tres sage et tres vertueuse dame Madame Jehanne d'Albret, royne de Narre, souveraine de Bearn et duchesse de Vendosme, fill eunique et seule heritiere de Henri d'Albret, roy de Navarre et de Marguerite de Foix sa femme et espouze, soeur unique de François Ier de ce nom, laquelle deceda à Paris le neufviesme jui mil cinq cens soixante et douze.
Avec eux reposaient également leur fils aîné, Henri, duc de Beaumont (1551-1553), qui serait mort asphyxié parce que sa gouvernante l'aurait maintenu trop serré dans ses langes dans une pièce surchauffée, et leur fille, Catherine de Bourbon.
A la Révolution, sa sépulture fut violée comme celles de tous les Bourbons et de tous les autres personnages inhumés en la collégiale dont il ne reste que de modestes ruines. Toutefois, des fouilles en 1934 et 1935 ont permis de retrouver des ossements jetés pêle-mêle dans un des caveaux sans qu’on puisse les authentifier. Ils furent alors replacer dans le chœur de la collégiale et s'y trouvent encore. On peut raisonnablement penser que ceux de la reine de Navarre étaient avec. Une nouvelle campagne de fouilles a été effectuée durant l'été 2017 dont on ne connaît pas encore les conclusions.