Son choix est aussi révélateur d'une dévotion pour saint Mayeul et pour saint Odilon, sensible chez plusieurs Bourbons en ces années et que Louis II manifesta jusqu'à la fin de sa vie.
Le duc voulut marquer au plus vite la présence des Bourbons dans la prieurale, en y établissant la nécropole de sa famille, notamment pour les duchesses. Jean († 1375) bâtard de Bourbon, seigneur de Rochefort, venait d'être inhumé devant l'autel Saint-Odilon et la mère du duc, Isabelle de Valois, y élit sépulture de son cœur en 1380. Les tombeaux devaient traduire de manière ostensible cette présence. Aussi le duc désira-t-il commander le sien de son vivant. Cette pratique rare, adoptée par les papes Clément VI et Innocent VI, reprise par le roi Charles V et ses frères, lui permettait d'affirmer son rang de seigneur du sang de France.
Le choix d'une église du Bourbonnais s'inscrivit aussi dans la politique de reprise en main du fief et de sa noblesse, qui valut à Louis II de recevoir des historiens contemporains le titre de fondateur de la principauté bourbonnaise. L'intention de confier sa dépouille et les prières pour le repos de son âme aux terres qui le faisaient vivre apparaissait comme la promesse d'un contre-don, en retour de l'obéissance et du soutien qu'il entendait recevoir de ses sujets et de ses vassaux.
Louis y fit édifier une chapelle qu’on qualifie de « vieille » pour la distinguer de la « neuve » fondée par son fils Charles Ier.
Cette chapelle différait des autres chapelles de la prieurale, tant par sa taille que par ses aménagements mobiliers, par son emplacement derrière la clôture conventuelle et par le faste de la liturgie qui y était célébrée quotidiennement. A l'origine, elle ne devait pas avoir d'usage sépulcral, car le duc souhaitait reposer dans le chœur, au milieu des moines qui prieraient pour lui. La chapelle lui permettait d'associer à sa sépulture des messes de Requiem qu'il ne pouvait fonder sur le maître-autel devant son tombeau.
Louis II fut finalement enterré dans la chapelle vieille de l'église prieurale de Souvigny. Ce changement de parti ne fut adopté que tardivement. Le duc n'envisagea de renoncer au chœur que dans son dernier testament, en 1409, en raison de l'état de cette partie de l'église, qui menaçait de s'effondrer sous le poids du clocher construit au-dessus de la croisée du petit transept.
Malgré les profanations, si les restes du duc et de son épouse, Anne d’Auvergne (1358 – 1416), ont disparu et le tombeau détruit, les gisants ont été préservés. Ils sont conservés au musée du Pays de Souvigny.