Sans rentrer dans les subtilités techniques du financement des caisses de l’état, il faut rappeler que les grands officiers de finances de l’époque garantissaient personnellement les crédits octroyés par les prêteurs : c’est là que les évènements se gâtèrent pour notre homme.
Les folies italiennes de François étaient un véritable gouffre et Semblançay avait les pires difficultés pour rembourser les créanciers. Semblançay et ses proches peinaient à financer les armées et une partie des échecs italiens lui furent imputés. Sa position s'en trouva fragilisée et fut mis progressivement sur la touche.
En 1524, un faisceau de circonstances amenèrent à l’examen de sa gestion qui démontre que la monarchie était bien la débitrice de Semblançay et non l’inverse ! Certes, il était débiteur de Louise de Savoie, dans la mesure où il avait utilisé une partie de son argent pour financer la politique royale, mais le roi lui devait une somme bien supérieure à ce qu'il devait à la reine mère. Il fut donc blanchi début 1525.
Il se retira en Touraine sans jamais recevoir une parcelle de ce qui lu était dû.
Mais en 1526, une autre commission fut chargée d’examiner les éventuelles malversations des officiers de finances. Semblançay revint à Paris sans doute pour préparer sa défense.
Le 13 janvier 1527, il était emprisonné à la Bastille et condamné à mort au début du mois d'août.
Malgré la disparition de la plupart des pièces de son dossier judiciaire, on sait qu’il s'agissait avant tout d'un procès politique auquel Louise de Savoie n'était pas étrangère.
Fut-il d’une intégrité sans failles ? Il ne serait guère difficile de trouver des irrégularités dans ses opérations financières. Mais victime de la libéralité royale, de la mauvaise organisation du système financier et de ses confrères qui l’accablèrent pour mieux dissimuler leurs propres malversations, Semblançay paya le prix fort pour tout le monde.
Bien que l’on criât à l’injustice et à l’ingratitude, le souverain lui refusa sa grâce. Ainsi Semblançay eut-il le triste privilège d’être le seul responsable que François Ier ait jamais fait exécuter dans ce type d’affaire.
Le 12 août, sorti de la Bastille pour Montfaucon, entouré d’une foule empreinte de « mervileuse pitié et compassion », Semblançay fut mené à son supplice sur une mule comme il en était l’usage pour une exécution à Montfaucon.
Jusqu’au bout il garda une si noble contenance que Clément Marot en composa une fameuse épigramme :
"Lorsque Maillart, juge d’Enfer, menoit
À Monfaulcon Samblançay l’ame rendre,
À votre advis, lequel des deux tenoit
Meilleur maintien ? Pour le vous faire entendre,
Maillard sembloit homme qui mort va prendre
Et Samblançay fut si ferme vieillart
Que l’on cuydoit, pour vray, qu’il menast pendre
À Montfaulcon le lieutenant Maillart."
Sa dépouille y resta jusqu'à ce qu'elle tombât dans la fosse du gibet qui lui servit de tombe. Après des années d’épreuves pour sa famille, celle-ci fut réhabilitée. En 1593, soit soixante-six ans après la fin tragique de Jacques de Beaune, le plus jeune de ses neveux, Renaud, devenu archevêque de Bourges recevait à la basilique Saint-Denis l’abjuration d’Henri IV.