Philippe le Bon mourut dans son hôtel ducal de Bruges (Prinsenhof) peut-être victime d’une pneumonie.
Tandis que ses entrailles restaient à Bruges en la collégiale Saint-Donat et son cœur transporté au Couvent des Célestins (Paris) où reposait sa sœur Anne, duchesse de Bedford, sa dépouille embaumée fut recouverte de zédoaire, plante originaire d’Asie du Sud dont les fleurs exhalent un parfum intense, et déposée dans un cercueil de plomb. Après ses funérailles en l’église Saint-Donat on s’achemina vers Dijon où eurent lieu de nouvelles funérailles les 5 et 8 juillet 1467 au couvent des Jacobins.
S’il songea un jour à se faire édifier un tombeau rien ne fut jamais entrepris. Il fut le seul de la dynastie à ne pas en avoir eu de monument funéraire.
Sa dépouille fut inhumée dans un nouveau et troisième caveau en 1473/1474 avec une simple épitaphe.