Le 17 janvier 1793, effondré en sanglots aux pieds de son souverain déchu et déjà presque mort, c’est lui qui lui apprit la terrible nouvelle de sa condamnation. Durant une heure les deux hommes s’entretinrent. Ils ignoraient qu’ils se voyaient pour la dernière fois.
Après l’exécution du roi, il retourna dans ses terres de Malesherbes (Loiret). Et lui, pourtant réputé pour sa sagesse fit publier un mémoire pour Louis XVI !
Alors, en décembre 1793, en pleine Terreur, on vint extraire ce « suspect » de sa retraite pour le mener à la prison du Palais-Royal.
Et, quitte à bien faire les choses, on arrêta aussi sa sœur, sa fille aînée (née en 1756), le mari de celle-ci, Louis V Le Peletier de Rosanbo (né en 1747), leur fille Aline (née en 1771) et son mari, Jean-Baptiste de Chateaubriand (né en 1759), le frère de François-René. Seuls ses arrières-petits-fils, les enfants de Jean-Baptiste, furent épargnés grâce à une gouvernante qui les cacha dans les greniers de la maison qu’habitaient leurs parents.