Son efficacité se poursuivit lors du conflit avec l’Angleterre dans le cadre de la guerre de Succession d'Autriche (1741-1748). Membre très influant de la haute noblesse franc-maçonne, il fut détesté par quelques maîtresses de Louis XV, dont Mme de Châteauroux et surtout Mme de Pompadour qui réussit à le faire renvoyer en 1749 pour avoir écrit quelques impertinences contre elle.
En disgrâce, mais doté d'une grande fortune, les années passèrent loin de la Cour en entretenant une abondante correspondance avec le personnel politique, les savants et les hommes de lettres, qui le consultaient sur toutes les affaires importantes du temps.
Et puis, vingt-cinq ans plus tard, en 1774, le voilà rappelé d’exil par Louis XVI. Son nom figurait en première ligne sur la liste des personnalités recommandées au nouveau roi par son père, feu le Dauphin, dans ses dernières volontés. On peut être surpris que l’attention du fils de Louis XV se soit portée sur cet homme habile certes, mais aussi superficiel.
Louis XVI fut conquis et Maurepas devint son mentor, sans avoir le titre de premier ministre mais ceux de ministre d’Etat et de chef du Conseil royal des finances. Logé au-dessus des appartements du roi, le voyant tous les jours, consulté à tout moment, son influence était immense. C’est ainsi qu’il eut une très grande part de responsabilité en conseillant malheureusement au jeune roi de renvoyer le triumvirat (Maupeou, Terray et Aiguillon) et de rappeler le pire ennemi du pouvoir royal : les Parlements que Louis XV avaient fait mettre au pas.
Soucieux avant tout de conserver son pouvoir sur Louis XVI, il se révéla un maitre de l’intrigue alors que le temps des manigances d’antan était passé.
Ses forces l’abandonnaient, sa tête s’affaiblissait sensiblement. Mais comme elle avait toujours recélé tant de légèreté qu’on ne s'aperçut pas de suite qu’il retombait en enfance. Début novembre, il confia au comte de Provence, s’être entretenu avec Henri IV …On réalisa alors la gravité du cas. Louis XVI fut sincèrement affligé par sa disparition intervenue à Versailles.
Jean Frédéric Phélypeaux, comte de Maurepas fut inhumé dans le caveau familial de l’église Saint-Germain-l’Auxerrois où il rejoignit son grand-père, Louis Phélypeaux de Pontchartrain et d’autres de ses ancêtres. Il ne reste plus aucune trace de sa tombe.