La première Jacquerie*, qui avait éclaté en Picardie en mai 1358, gagnait les portes de Paris. Etienne envoya « le Mauvais » les aider. Mais ce dernier, peut-être récalcitrant à l’idée de soutenir une armée de manants, trahit le prévôt et massacra les Jacques avec l’aide de mercenaires anglais. Mécontents, terrifiés par tant de violence, les parisiens commencèrent à retourner leurs vestes contre le prévôt. En conséquence, les partisans du dauphin se trouvèrent d’autant plus confortés par ce soudain soutien populaire que Charles et ses troupes de fidèles se dirigeaient sur Paris.
Pris de panique, Etienne envoya d’émouvantes suppliques à ses amis flamands qui s’abstinrent d’y répondre. Les Parisiens s’en prirent aux Anglais amenés par le Mauvais qui, flairant le danger, était ressorti de Paris. Espérant que la situation lui rapporterait la couronne de France, il était alors en pourparlers avec des émissaires d’Edouard III quand, le 31 juillet 1358, Etienne voulut faire ouvrir la porte de la Bastille pour livrer Paris à ses troupes. Hélas pour les deux félons, c’était compter sans les royalistes soutenus dorénavant par la majeure partie de la population parisienne. Arrivé à la bastille Saint-Antoine, l’ambitieux prévôt fut abattu à coups de hache avec ses compagnons par Jean Maillard conduisant quelques défenseurs de la ville.
Sa dépouille fut exposée nue avec celles de six de ses principaux acolytes sur les marches de l’église Sainte-Catherine-du-Val-des-Ecoliers avant d’être jetée dans la Seine qui lui servit de tombe. * Le terme vient du nom Jacques Bonhomme qui se mit à la tête d’un mouvement paysan qui se rebella contre sa misère due en grande en partie au pillage systématique de leurs biens par des mercenaires.