Militaire mais aussi diplomate, s’il échoua dans la réconciliation entre la reine Margot et Henri de Navarre, il soutint ce dernier par ses conseils avisés lorsqu’il devint roi. Appui et fidélité des plus louables de la part du maréchal qu’Henri IV, l’ayant combattu autrefois, avait voulu le destituer. Mais plutôt que de se priver de la probité du maréchal, il revint sur ses intentions. Matignon continua donc à jouir de sa bonne fortune et de la considération de beaucoup sauf de celle de Brantôme qui, le haïssant, décréta à sa mort brutale que c’était là un jugement de Dieu. Il avait trépassé brusquement d’une apoplexie pendant qu’il prenait son repas dans son comté de Lesparre en Gironde alors qu’il se préparait à poursuivre les Espagnols « au-delà de leur frontière ». Sa dépouille fut ramenée dans l’église seigneuriale du fief familial où il fut inhumé.
Autrefois dite « l’église des mausolées » à cause du nombre de ceux des Matignon qu’elle contenait, l’église Saint-Laurent fut l’objet de profanations en 1792.
Du tombeau du maréchal et de son épouse Françoise de Daillon du Lude ( ?- ?), érigé entre 1597 et 1601, il ne restait qu’un fragment conservé au Louvre.
Mais en 2009, la tête du priant de la maréchale refit surface sur le marché de l’art. Pour éviter que cette pièce patrimoniale n'échappe à la région, ou pire qu'elle ne quitte la France, le conservateur alors en poste, M. Dufresne, eut l'idée de lancer une souscription en 2010 pour la faire entrer dans les collections du musée de Saint-Lô. Grâce à cette excellente initiative, le buste a retrouvé sa région d’origine.
Il reste aussi quelque part, probablement chez un collectionneur privé, les « restes » des mains jointes du maréchal.
La famille a laissé son nom à l'Hôtel Matignon, résidence du Premier ministre, dont elle se porta acquéreur en 1723.