Puis, celui dont Pierre de l’Estoile écrivait « Henri de Valois aurait été un très bon prince s’il eût régné dans une bonne époque » expira. Pour parer au plus pressé on « emprunta » le plomb des tuyaux et des bassins des fontaines du château de Saint-Cloud pour confectionner le cercueil et l’urne des viscères. Le duc d’Epernon fit ériger dans une chapelle de l’église du couvent de Saint-Cloud une colonne de marbre rouge pour y recueillir le cœur du roi.
De son vivant, Henri III avait pensé faire tracer dans le bois de Boulogne six allées convergeant vers un rond-point où on aurait installé un mausolée destiné à recevoir son cœur et ceux de ses successeurs. Chaque allée aurait été ornée des tombeaux des chevaliers de l’ordre du « Saint-Esprit » qu’il venait de créer ! Heureusement, les événements politiques ne permirent pas la réalisation de ce projet.
Saint-Denis étant aux mains de la Ligue, Paris dansant de joie à l’annonce de sa mort, sa dépouille fut amenée en l’église Saint-Corneille de Compiègne où l’on attendit des jours meilleurs pour son inhumation solennelle qu' Henri IV s’engagea à faire.
La paix revenue, Henri IV, qui semblait avoir relégué la dépouille de son prédécesseur dans un lointain recoin de sa mémoire, en refusa alors le transfert à Saint-Denis ! Il fallut attendre plus de vingt ans pour que, tout en en renâclant, il accordât enfin une sépulture royale à Henri III.
Henri IV avait deux bonnes raisons pour faire traîner l’événement. Des obsèques solennelles coûtaient très chères et l’état des finances du souverain justifiaient pour une fois sa pingrerie naturelle. Mais on lui avait surtout prédit qu’il serait lui-même inhumé dans l’abbaye huit jours après l’enterrement d’Henri III. Au regard des faits, il eut mieux valu qu’il attendît encore un peu puisque c’est exactement ce qui se passa.
Une inhumation minable.
En juin 1610, le duc d’Epernon ramena le corps de Compiègne en la basilique Saint-Denis. Mais cette inhumation n’étant pas « officielle », les moines de l’abbaye ne recevraient aucun dédommagement pour ce labeur. De plus, leur sympathie allant naturellement aux Ligueurs, ils laissèrent définitivement en plan le sarcophage ! Pour porter le cercueil dans la nef, Epernon n’eut pas d’autre recours que d’en appeler à ses valets qui, en attendant la fin des débats avec les moines, étaient allés se rafraîchir dans un cabaret voisin. On raconte que les serviteurs enivrés laissèrent échapper le cercueil de plomb qui s’écrasa sur le sol avec fracas. Enfin, il trouva sa place dans le caveau de la rotonde Valois auprès de ses parents et de ses frères.