Fondée sur le modèle de la Congrégation de l'oratoire formée à Rome, en 1575, par saint Philippe Néri, cette congrégation affichait une nouveauté pour l’époque : « séculière », elle n’impliquait pas les vœux religieux.
Une fois son règlement confirmé par la papauté, elle se trouva en rivalité directe avec les jésuites ce qui lui valut l’hostilité de ces derniers.
Grâce au ralliement de plusieurs maisons de l’Oratoire, et à l’appui, entre autres, de saint François de Sales, la congrégation, qui faisait vœu à la Vierge et à Jésus, connut un succès immédiat en réunissant très vite des prêtres de grande qualité, théologiens, exégètes, prédicateurs, philosophes, qui furent mêlés aux crises les plus sérieuses du temps, le jansénisme et le quiétisme.
Quitte à faire, il s’occupa aussi de la fondation des Ursulines et de la réforme monastique.
Bien qu’il ne cherchât pas à pénétrer à la cour et qu’il ait refusé d’être le précepteur des enfants royaux, après la mort de Concini, il travailla à réconcilier Louis XIII et sa mère, Marie de Médicis, dont il était devenu le chef du conseil. Si, comme Richelieu, il voulait la grandeur de la France, leurs divergences dans le domaine de la politique étrangère n’en n’étaient pas moins profondes. Pour Bérulle, qui faisait figure de chef du parti dévot, il s’agissait de faire prendre à la France la tête d’une politique catholique en s’alliant avec l’Espagne et en travaillant à la conversion de l’Angleterre. Ainsi, un jour, pourrait être restaurée l’unité de la Chrétienté dans une grande union des peuples catholiques contre le protestantisme. Estimé pour ses qualités de diplomate et de négociateur, il joua aussi un rôle important dans le rapprochement entre la France et l’Angleterre en obtenant la dispense nécessaire au mariage d’Henriette de France avec le futur Charles Ier d’Angleterre, il suivit la princesse dans son nouveau pays en tant que son aumônier. Les espoirs de conversion qu’il avait fondés furent vite déçus.
Nommé cardinal (1627), l’un des principaux artisans de la Contre-Réforme en France, il mourut deux ans plus tard en disant la messe. L’Oratoire comptait alors vingt-et-un collèges, cures, sanctuaires et séminaires en France, en Espagne et aux Pays-Bas.
Après quatre déplacements de sa sépultures, quid du cinquième ?
Ses obsèques furent célébrées dans l’église de l’Oratoire Saint-Honoré, où son corps fut déposé provisoirement dans une des chapelles. Trente ans plus tard, il fut inhumé dans la chapelle de la Passion où il demeura jusqu'en 1793 sous un tombeau, oeuvre de Michel Anguier, dont il subsiste le buste à l'église Saint-Eustache et quelques vestiges de l'encadrement du mausolée à son emplacement d'origine.