Présent à Paris lors du massacre de la Saint-Barthélemy, il dut, sous la pression abjurer sa foi. Il participa au siège de La Rochelle au sein de l'armée royale, puis obtint la permission de se rendre dans son gouvernement de Picardie dont il avait été privé.
Mais, après l’échec de la conjuration des Malcontents, visant à retirer le pouvoir à Catherine de Médicis (1574), il alla chercher des appuis à la cause protestante auprès du Saint Empire. A la tête du parti protestant durant les quatrième, cinquième et sixième guerres de religion, il s’opposa à Navarre auquel il reprochait sa désinvolture religieuse. Néanmoins, face à la menace catholique, les deux cousins furent pourtant obligés de s'allier et combattirent ensemble à la bataille de Coutras (1587). Malgré la victoire éclatante des protestants, il aurait alors voulu poursuivre les opérations et marcher sur Saumur pour parfaire ses conquêtes dans le sud-ouest.
Renversé par une lance à Coutras, peut-être blessé, il se plaignait de douleurs à l’estomac. Après s’être un peu reposé, il voulut remonter à cheval et prendre part à un jeu de bagues consistant à essayer d’enlever, avec une lance, une bague suspendue à un poteau.
Retiré dans sa résidence de Saint-Jean-d'Angély (Charente-Maritime), il y mourut brutalement deux jours plus tard.
Cette mort subite fit croire à Henri de Navarre à un empoisonnement. Devenu roi, il fit incarcérer la seconde épouse du défunt, Charlotte-Catherine de la Trémoille, soupçonnée d’avoir un amant à l’époque du décès et d’avoir accéléré la fin de son mari.
Henri Ier de Bourbon, prince de Condé, fut inhumé en l’église de Vallery que son fils, Henri II de Bourbon-Condé, fit reconstruire sous le vocable de Saint-Thomas de Cantorbéry. Ainsi inaugura-t-il la tradition d'inhumer les membres de sa famille en cette église. Le 30 mars 1794 sa sépulture fut brisée et ses restes jetés pêle-mêle avec ceux des autres princes et princesses de Condé dans une fosse commune située dans le cimetière de Vallery. Ce ne fut qu’en 1822 que le duc de Bourbon de l’époque fut prévenu des faits. En septembre de la même année, avec l’aide d’un des fossoyeurs de 1794, la fosse fut retrouvée. Les ossements, réunis dans un linceul, furent déposés dans même cerceuil en chêne qu'on descendit dans le caveau familial au dessus duquel on plaça une pierre tombale rappelant le nom des défunts de cette famille présents dans l'église.