Toutefois, parvenant à rentrer en Vendée, il y réorganisa peu à peu une petite troupe de paysans excédés. Royrand ayant péri, il prit la tête de l'Armée catholique et royale du Centre et combattit les colonnes infernales dans les premiers mois de l'année 1794.
Il entreprit alors de conjuguer ses efforts à ceux de Charette, Stofflet et Marigny. Devenu l’un des principaux généraux vendéens avec les précédents, il put mener plusieurs attaques sur Mortagne, que les républicains évacuèrent en mars 1794. Moins intransigeant que Charette et Stofflet, il refusa de voter la mort de Marigny, et accepta le traité de paix de la Jaunaye en février 1795. Stofflet, furieux de cette soumission, voulut le faire arrêter mais ne le trouva pas. Sapinaud reprit les armes à l'été 1795, ne livrant que quelques petits combats à Montaigu, Pouzauges, Saligny et La Merlatière. La mort de Charette, mit fin à la guerre. Mais il reprit de nouveau les armes lors des soulèvements de 1799.
Le Coup d'Etat du 18 brumaire déconcerta les Vendéens et les Chouans qui entamèrent des négociations en décembre. Alors que les conditions de paix proposées par Bonaparte divisaient les généraux chouans et vendéens, Sapinaud se montra partisan de l'apaisement et signa la paix de Montfaucon (18 janvier 1800). De nouveau à combattre lors des Cent-Jours, durant la Guerre de Vendée et Chouannerie de 1815, à la mort de La Rochejaquelein, il lui succéda la tête de l'armée catholique et royale de Vendée. A la suite de la défaite des Vendéens à la Bataille de Rocheservière, il se montra de nouveau partisan de la paix et il signa l'armistice le 26 juin 1815.
Rentré dans ses terres de La Gaubretière à la Restauration, Louis XVIII le nomma lieutenant-général, inspecteur des gardes nationales de la Vendée, chevalier de la Légion d'honneur, et pair de France. A sa mort, dans son château de Sourdis à La Gaubretière, il fut inhumé dans le cimetière de cette commune, souvent considéré comme le « Panthéon » de la Vendée.
A ses côtés, reposent ses frères :
►Esprit de Sapinaud de La Rairie (1762-1833)
Cadet Gentilhomme au Régiment de la Reine-Infanterie en 1778, il émigra et fit la campagne de l'Armée des Princes et celle de 1815, sous les ordres de son frère. Chevalier de Saint Louis.
►Isaac Sapinaud de La Rairie (1768-1842)
Officier au Régiment d'Armagnac, il émigra et fit trois campagnes avec l'Armée de Condé. Rentré en France sur l'Ordre des Princes, il retrouva en Vendée et l'armée de Charles. Chevalier de Saint Louis.