A la proscription des Girondins, il se réfugia en Normandie. Mais après l’échec des fédéralistes il quitta la région en compagnie de Buzot, Guadet, Louvet, Pétion, Valady et Salles pour rejoindre Bordeaux et sa région d’où Guadet était originaire. Durant de nombreux mois, il fut caché avec ses amis à Saint-Emilion dans une grotte souterraine que Mme Bouquey, la belle-sœur de Buzot, avait mis à leur disposition.
Reclus, ne pouvant sortir que lorsque le zèle des agents de la Convention se relâchait un peu, Barbaroux et ses amis attendaient la peur tenaillée au ventre.
Quand en novembre, ils furent contraints de fuir cet asile, Louvet et Valady quittèrent la région ; Salles et Guadet se réfugièrent chez le père de ce dernier ; Barbaroux, Buzot et Pétion rôdèrent dans le secteur en quête d’un abri.
Ce fut encore Mme Bouquey qui vint à leur secours en leur trouvant un refuge chez le dénommé Troquart, perruquier à Saint-Emilion.
Durant plusieurs mois ils vécurent dissimulés dans une petite pièce au-dessus de la boutique de Troquart. Mais le 17 juin 1794 au matin, une opération de débusquement menée par des dogues, spécialement dressés à cet usage et à l’attaque, fut lancée. Guadet et sa famille furent arrêtés. Le soir même, Barbaroux, Buzot et Pétion reprenaient leur errance misérable. Privés depuis des mois d’activité physique la marche n’en était que plus pénible. Munis de leurs pistolets, d’un peu de nourriture mais sans papier d’identité, il eut fallu une bonne dose de chance pour sortir des mailles du filet. Hélas, la bonne fortune les avait abandonnés depuis longtemps.
A l’aube de leur première nuit, ils entendirent le son d’un tambour. De leur cachette, ils ne purent constater qu’il ne s’agissait que de quelques volontaires marchant sur la route. Ils se crurent traqués par une patrouille.
Alors que Buzot et Pétion se ruaient dans les bois, Barbaroux, peut-être gêné par son embonpoint ou fatigué de cette fuite en avant dont il ne voyait pas l’issue, préféra se tirer une balle dans la tête. Il se rata
mais le coup alerta et on le trouva grièvement blessé.
Brinquebalé sur une chaise, de toute la journée, personne ne le soigna ni ne lui offrit un verre d’eau. A défaut de connaître son identité, l’assistance savait ce qu’il en coûtait d’aider un éventuel proscrit. On en était arrivé à craindre qu’un verre d’eau menât à la guillotine. Il en fut ainsi dans chaque ferme où faisaient halte les quatre hommes qui le portaient. En fin de journée, il arriva à Castillon toujours entouré de curieux mais d’aucune bonne âme. Jeté en prison, on daigna enfin lui apporter quelques soins. Quelques jours plus tard, on le transporta en bateau jusqu’à Bordeaux où il fut guillotiné.
Reste un petit monument, au bord de la départementale reliant Libourne à Bergerac, rappelant l’événement « En cet endroit le 18 juin 1794 fut transporté le Girondin Barbaroux qui, traqué par les troupes terroristes, venait de tenter de se suicider. Conduit d’abord à Castillon, il fut mené ensuite à Bordeaux où il monta sur l’échafaud. De l’autre coté de la route, dans un champ appelé longtemps le champ des émigrés, les Girondins Buzot et Petion se suicidèrent le soir de ce même jour ».
Jean-Marie Barbaroux fut inhumé dans une fosse commune du cimetière de la Chartreuse.
*Antinoüs était un jeune grec d’une grande beauté, favori de l’empereur Hadrien. Il se noya dans le Nil en 130. Hadrien le rangea parmi les dieux et fonda une ville à sa mémoire (Antinopolis). Son culte se répandit très vite dans le monde grec et inspira à la sculpture antique un nouveau type idéal.