Les auteurs du 19ème siècle en firent le champion toute catégorie de la tolérance. Sans toutefois lui retirer le mérite de ses positions, cette appréciation serait à nuancer. Les convictions de cette grande intelligence politique n’étaient-elles un peu teintées de gallicanisme ?
Il souhaitait la cohabitation des deux religions. Il voulait la paix civile qu’il réclamait avec la superbe éloquence qui le caractérisait aussi. C’est en vain qu’il s’opposa à toute décision mettant en péril la cohésion de l’Etat. Puissant homme d’Etat, c’est avec vigueur et sans concession qu’il rectifia le comportement des parlementaires toujours prompts à s’octroyer des pouvoirs ne devant relever que de l’autorité royale.
Sa façon d’aborder la question religieuse laissant à penser aux Catholiques qu’il appartenait à ceux qui voulaient considérer le problème sous un angle séculier, le rendait encore plus dangereux à leurs yeux que les hérétiques. Et pourquoi pas la séparation de l’Eglise et de l’Etat, pendant que nous y étions ! L’Eglise de France attendra 1905 pour voir se concrétiser se qu’elle craignait depuis si longtemps.
Dans le même temps, la reprise des armes par Louis Ier de Bourbon, prince de Condé, et Gaspard de Coligny en 1567 (la « surprise de Meaux »), prélude de la troisième guerre de Religion mettant en échec sa politique, Michel de l’Hospital connut pour la première fois une longue période de disgrâce qui le mena jusqu’à ses derniers jours.
Il habitait sa terre du Vignay, dont il était le seigneur, devenue un foyer d'humanisme où il recevait tous ses amis, les poètes de la Pléiade dont il s'était fait le protecteur, et bien d’autres encore. Vignay, à proximité du château de Bellébat où, depuis 1556, résidait son gendre, Hurault de Bellébat, maître des Requêtes, et sa fille Madeleine, ainsi que ses neuf petits-enfants. Vignay qui disparut en 1872/1873.