D’abord sous Louis XI dont il devint l’un des principaux conseillers, pour lequel il combattit Jean V d’Armagnac puis Jacques d’Armagnac et qui le fit lieutenant général du royaume en 1482.
Puis, avec l'aide de sa femme, il devint régent de fait du royaume durant la minorité de Charles VIII et chef du conseil du jeune roi. Il fut un acteur important du rattachement de la Bretagne au royaume. Bien qu’ayant déconseillé à Charles VIII de s’engager dans une expédition en Italie pour réclamer le royaume de Naples, le roi partit malgré tout confiant à Pierre de Beaujeu la régence en absence.
À la majorité du roi, il se retira dans ses terres préférant diriger sa propre cour qu'avoir un rôle subalterne à celle de France. Il s’y révéla administrateur avisé des duchés de Bourbonnais et d'Auvergne.
En août 1503, peu après avoir rencontré le roi Louis XII à Mâcon, il fut pris de fièvre. Il mourut deux mois plus tard en son palais de Moulins.
Alors que son cœur était envoyé à la collégiale Notre-Dame de Moulins, après de magnifiques funérailles, Pierre II de Bourbon fut inhumé dans la chapelle neuve de l’abbaye de Souvigny, nécropole familiale des Bourbons. Cette chapelle se situe dans le bras nord du deuxième transept.
Par extraordinaire, les sépultures ne furent pas profanées à la Révolution
Lors d’un état des lieux, effectué en septembre 1840 à la demande de Louis-Philippe, on put constater que son cercueil était en assez bon état. Par une fente on pouvait apercevoir la dépouille de Pierre II dans sa position d’origine. Sur une bande de plomb on pouvait lire « Le DUC PIERRE DE BOURBON deuxième du nom » ainsi que le mot ‘espérance » écrit en plus petits caractères. On effectua les réparations nécessaires sans toucher à son corps qui repose toujours au même endroit.